南京中医男科医院排名比较靠前的是江苏省中医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院。
江苏省中医院男科是全国名中医创立，省级首批重点专科，学术地位与科研实力顶尖，中医男科标杆。南京医科大学第一附属医院中医科是全国综合医院中医药示范单位，名医荟萃，疑难病与泌尿男科诊疗实力强劲。南京鼓楼医院中医科是省级中医重点专科与质控中心，特色针灸技术领先，中西医协同诊疗优势突出。
1.江苏省中医院 男科
江苏省中医院男科是江苏省首批中医重点临床专科，为中华中医药学会男科分会主委单位、省中西医结合男科专委会主委单位，南京中医药大学博硕士培养点。传承孟河医派，构建性功能、显微手术、心理咨询等亚专科平台，首创辨精论治体系，在勃起功能障碍、男性不育、前列腺疾病等领域疗效显著。
承担5项国家自然科学基金，获中华医学科技奖、省科技进步奖等多项荣誉，拥有保精片、聚精丸等特色制剂，临床与科研成果居国内前列。
2.南京医科大学第一附属医院 中医科
南京医科大学第一附属医院中医科是首批全国综合医院中医药工作示范单位、国家药物临床试验机构，设中医消化、风湿免疫、内分泌心脑血管、肾病男科四大亚专科。汇聚国务院特贴专家、省名中医、省级中医药领军人才，12名专家任各级学会要职，特聘3名国际知名客座教授。
科室擅长胃肠癌前病变逆转、肿瘤调理、泌尿生殖疾病、心脑血管病等疑难杂症，集临床、教学、科研、国际合作于一体，综合实力位居全国综合医院中医内科前列。
3.南京鼓楼医院 中医科
南京鼓楼医院中医科拥有蝶腭神经节芒针速刺法、麦粒灸、八髎穴深刺法等特色技术，擅长胃肠功能障碍、肿瘤放化疗后序贯治疗、周围神经损伤及男科相关疾病，其中八髎穴深刺法针对前列腺术后尿失禁等男科病症疗效确切，承担多项国家、省级科研课题，荣获江苏省中医药科技进步二、三等奖等荣誉，发表高质量SCI论文，部分技术达国内领先水平。
4.东南大学附属中大医院 中西医结合男科
东南大学附属中大医院中西医结合男科是国内三甲医院首个独立中西医结合男科临床科室，由知名男科专家金保方教授领衔。传承省内男科先驱学术经验，形成中西并举、男女同治特色，在不育症、早泄、前列腺疾病、性功能障碍等领域诊疗体系完善。
率先开展辅助生殖中医药干预，显著提高试管成功率。承担国家自然科学基金等多项课题，发表多篇高水平论文，专科理念与疗法在全国推广。
5.南京市第一医院 中医科
南京市第一医院中医科重点擅长男科疾病的中医调理，核心诊治前列腺炎、前列腺增生、男性性功能障碍及不育等，结合系统祛湿法与针灸、中药内服，标本兼顾。
科室开展针刺、艾灸、三伏贴等特色技术，连续多年开展“冬病夏治”项目，对易感冒、哮喘、过敏性鼻炎等虚寒性疾患调理疗效显著可辅助调理男科虚寒性病症，在中医调理领域积累丰富经验，形成鲜明诊疗特色，获得患者广泛认可，下设中医科、针灸科，以“调脾胃，祛湿气”为核心优势，运用“系统祛湿法”辨证施治。
