中山大学附属第六医院擅长普通外科、结直肠肛门外科、神经科、麻醉科、康复医学科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、普通外科
是国内外规模最大、专业齐全、特色突出、有较大影响力的的普通外科疾病诊治中心。在结直肠癌、肛门良性疾病、盆底疾病、克罗恩病和低位直肠间质瘤新辅助治疗保肛的诊治达国际先进水平；胃肠癌肝转移瘤、临床营养、肠瘘、胃肠道蔓状血管瘤的诊治水平达到国内先进水平。
2、结直肠肛门外科
是国家重点专科--中山大学附属第六医院普通外科重要分支学科、广东省“十一五”重点专科。科室医疗优势在于技术力量雄厚，从疾病的诊断、治疗与预后的评估，营养咨询与支持治疗，心理辅导沟通到手术或药物治疗，以及出院后的康复随访，均提供最优质的专业化服务。
3、神经科
是中山大学国家级重点神经病学科的组成部分，承担中山大学医学本科生的临床见习与实习以及研究生培养等教学任务，为中山大学硕士点。开展对神经系统常见病、多发病及急危重症与疑难杂症的临床诊治工作，包括脑中风、脑膜炎、脊髓炎、癫痫、抑郁症及各种神经遗传变性病、以及理化创伤等所致的各种脑病。
4、麻醉科
在2011年经评审成为广东省首批十三家“麻醉学临床重点专科”之一，在临床麻醉、教学科研、人才培养、科室管理等方面都取得了显著成效。全面开展各类常规手术的麻醉，在手术室成功抢救了众多的失血性休克、感染性休克、心跳骤停需手术的患者，并经常协助兄弟科室进行气管插管、深静脉穿刺、心肺复苏等抢救工作。
5、康复医学科
是以神经康复、骨关节疾患及运动损伤康复、胃肠外科术后康复、心肺康复及孕产及儿童康复为特色的综合性康复医学科。擅长结直肠肛门术后康复、骨骼肌肉系统康复、运动损伤康复、神经系统疾患康复等。