重庆医科大学附属第二医院擅长骨科、眼科、肝胆外科、消化内科、HIFU肿瘤中心
1、骨科
在新中国骨科创始人之一吴祖尧教授等老一辈专家的推动下，在诊治脊柱疾患方面积累了丰富的临床经验，诊疗水平迅速提高，在国内具有一定的影响力。现已重庆市集医、教、研为一体的重点学科，是硕士和博士学位授予点，也是医院的重点学科之一。
2、眼科
是西南地区最早的眼科，集医疗、教学、科研为一体，拥有多名白内障、青光眼、眼底病、小儿眼科、角膜病及眼整形、泪道病、眼部肿瘤等手术专家，是重庆市老年眼病防治中心、重庆市近视防控小组组长单位、重庆市眼科联盟主席单位，担负着重庆市卫健委、重庆市残疾人联合会防盲治盲任务。
3、肝胆外科
是重庆市肝病治疗研究中心的支柱科室之一，为重庆市重点学科、博士学位授权学科，现形成以肝、胆、脾脏、胰腺外科及肝移植临床及病理生理相关问题研究为特色的西南地区大型肝胆胰脾外科治疗研究中心，是目前重庆市属医院规模最大的肝胆外科，也是本市首家按肝脾及胆胰疾病亚转业收治病人的单位。
4、消化内科
是重庆市重点学科、重庆市临床重点专科、重庆市消化内镜医疗质量控制中心、重庆市肝病治疗研究中心等，已发展成为医疗技术实力雄厚、临床服务能力和教学科研成绩突出的位居西部领先行列的学科。其中，消化道早癌的内镜下诊疗水平在重庆市名列前茅。
5、HIFU肿瘤中心
是重庆医科大学肿瘤学硕士、博士学位授予点，是国家药物临床试验机构肿瘤专业组、重庆市中西医结合学会分子靶向治疗专委会主委单位，是集医疗、科研、教学为一体的肿瘤专科中心，现为西南地区领先、国内一流，具有一定国际影响力的综合性教学医院的肿瘤临床治疗专科。