北京大学人民医院擅长血液内科、风湿免疫科、妇产科、骨科、普外科疾病的治疗，上述科室均为国家临床重点学科，在专业疾病诊治方面具有一定特色。
1、血液内科
是国内规模最大，技术力量雄厚的综合性血液病研究所之一。科室的造血干细胞移植一直处于国际领先水平，已经成为亚洲最大、世界前五大造血干细胞移植中心。治疗急、慢性白血病的长期无病生存率平均达70％以上，无论移植数量还是移植质量均居国际领先水平。
2、风湿免疫科
在类风湿关节炎诊治及机制研究、系统性红斑狼疮的免疫治疗及干燥综合征的早期诊断上位居国际前列，已成为国际知名的风湿免疫病中心之一。
3、妇产科
在卫生计生委临床学科评比中位居全国第二，国内有较大的影响力。计划生育与生殖医学科是首批通过卫生部人类辅助生殖技术资质的认证，成为国家卫生部批准开展人类辅助生殖技术的专业医疗机构。
4、骨科
长期以来一直在国内处于领先水平。学科专业齐全，涵盖了创伤、肿瘤、脊柱、关节等各个学科发展方向，覆盖了骨科领域的所有疾病谱。在严重创伤救治、关节周围骨折和神经损伤修复等领域已经成为行业引导者和领军者。
5、普外科
科室在不到两年的时间里完成数百例机器人手术（外科手术最前沿的技术），基本涉及普外科全部领域，达到了国内先进水平；肝脏切除手术的难度及综合治疗居于全国领先水平，能够根据患者病情做到个体化治疗。
医院擅长的科室还有胸外科、眼科，胸外科是国内外公认的我国胸腔镜胸部微创手术技术力量最为雄厚的“排头兵”单位，眼科是国内最早开展微创玻璃体手术、早产儿视网膜病变综合防治、巩膜放射敷贴器局部放疗的单位之一，屈光性白内障手术领域处于国内领先水平。
