哈尔滨二四二医院擅长的科室有心血管内科、神经内科、妇科、泌尿外科等。
1、心血管内科
哈尔滨二四二医院心血管内科是医院集医疗、护理、科研、教学为一体的重点科室之一，配备有近百米的中心监护病房内设备先进，设施齐全，可救治急性心肌梗死、各种心律失常等重症病人。科内先后开展了动态血压、动态心电检查及平板运动试验检查技术，开展了冠状动脉造影术、经皮冠状动脉腔内成形术（PTCA）、冠状动脉内支架术、心腔内电生理检查术、心律失常射频消融术，整体技术水平居省内先进行列。
2、神经内科
哈尔滨二四二医院神经内科是该医院的重点科室之一，现已发展成为技术先进实力雄厚，服务优良的一流科室，承担着平房地区及周边市县神经系统疾病的预防、诊断、治疗、科研教学工作。主要诊治脑血管疾病（脑梗塞、脑出血）、偏头痛、脑部炎症性疾病（脑炎、脑膜炎）、脊髓炎、癫痫、痴呆、神经系统变性病、代谢病和遗传病等。
3、妇科
哈尔滨二四二医院妇科为哈南地区规模最大、技术领先、功能齐全、设备完善、环境优美、服务规范的临床诊疗中心。在省内较早开展全子宫切除术、次全子宫切除术等，其中悬吊式免气腹腹腔镜、单孔腹腔镜技术达到省内先进水平。科室是省内开展宫腔镜诊疗技术较早的专科。对子宫切口的瘢痕妊娠、宫颈妊娠、肌壁间妊娠、术前血管介入化疗栓塞术及化疗泵植入介入治疗项目在省内处于先进水平。
4、泌尿外科
哈尔滨二四二医院泌尿外科是该医院的重点专科。先后在省内率先开展了同种异体肾移植手术、经尿道2微米激光前列腺汽化切除术、经尿道2微米激光膀胱肿瘤切除术、输尿管软镜钬激光碎石术、精囊镜手术，取得了良好的效果。成功完成了肾脏移植手术，开展了胰肾联合手术，和应用2微米激光设备开展前列腺切除术等微创手术，填补了省内空白，达到了省内先进水平。