三甲医院排名靠前的有北京协和医院、四川大学华西医院、中国人民解放军总医院等。其中，北京协和医院在国家三级公立医院绩效考核中两次排名第一，在复旦版榜连续十二年名列榜首，是临床医学研究和技术创新的国家级核心基地；四川大学华西医院是中国一流的医学科学研究和技术创新的国家级基地，在复旦版榜排名第2；中国人民解放军总医院拥有8个国家重点学科，3个军队“双重”学科，在复旦版榜排名第三。
第一名：北京协和医院
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是临床医学研究和技术创新的国家级核心基地，以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。在国家三级公立医院绩效考核中两次排名第一，在复旦大学医院管理研究所公布的《中国医院排行榜》中连续十二年名列榜首。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中，排名第一。
第二名：四川大学华西医院
四川大学华西医院，是国家三级甲等综合医院，也是中国一流的医学科学研究和技术创新的国家级基地，综合实力处于国内一流、国际先进行列。医院学科综合实力强大，临床医学ESI排名处于国际顶尖行列（全球前0.5‰）。在成人活体肝脏移植、肺癌外科和微创治疗、心脏介入治疗、脑神经外科及功能神经外科、中西医结合治疗重症胰腺炎、胃肠微创手术、临床麻醉、功能磁共振、核医学等多个领域处于国内乃至世界领先水平。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第二。
第三名：中国人民解放军总医院
301医院（中国人民解放军总医院）是集医疗、保健、教学、科研、预防、康复、核生化防护、医学救援于一体，向建设世界一流军队医院迈进的大型现代化综合性医院。医院拥有21个临床医学部、8个国家重点学科，3个军队“双重”学科，5个国家临床医学研究中心，以肾脏疾病国家重点实验室为代表的7个国家级重点实验平台，46个省部级及全军重点实验室，61个全军医学研究所和专科中心。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第三。
第四名：上海交通大学医学院附属瑞金医院
上海交通大学医学院附属瑞金医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性医院，有着百年的深厚底蕴。医院学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出，尤其在血液内科、心血管内科、肾脏内科和生殖医学等学科方面颇具特色。连续四次获全国文明单位称号，并获得全国五一劳动奖状、全国卫生系统先进集体等诸多荣誉。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第四。
第五名：复旦大学附属中山医院
复旦大学附属中山医院是中国人创建和管理的最早的大型综合性医院之一，是上海市第一批三级甲等医院。在全国三级公立医院绩效考核中，医院位列2020年度全国第一，2021年度全国第二，连续4年获得最高评级“A++”。医院学科综合实力出众，在心脏、肝脏、肾脏等领域的临床能力处于国内顶尖、世界先进水平。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第五。
第六名：华中科技大学同济医学院附属同济医院
华中科技大学同济医学院附属同济医院是一所学科门类齐全、英才名医荟萃、师资力量雄厚、医疗技术精湛、诊疗设备先进、科研实力强大、管理方法科学的现代化综合性国家卫生健康委委管医院，综合实力居国内医院前列，是国家高质量发展试点医院。2018、2019年度全国三级公立医院绩效考核全国等级A+；2020年复旦版中国医院排行榜全国第六、中南第一（连续十年全国前十）。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第六。
第七名：华中科技大学同济医学院附属协和医院
华中科技大学同济医学院附属协和医院是国家首批三级甲等医院、全国百佳医院，荣获全国五一劳动奖状、全国文明单位等荣誉称号。医院历史悠久，实力雄厚，学科综合实力位列复旦大学医院管理研究所公布的“中国医院排行榜”全国前十；综合绩效考核稳居A+行列；医院入选全国首批区域医疗中心建设输出单位。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第七。
第八名：复旦大学附属华山医院
复旦大学附属华山医院首批通过国家三级甲等医院评审，是国内最着名、最具国际化特色的医、教、研中心之一。在专科声誉排行榜中，医院有6个学科位于全国前三名，10个学科位于前十名。医院医疗技术力量雄厚，声誉辐射全国，蜚声海外，是上海首家提供涉外医疗服务的单位，现为10国领事馆指定医疗机构。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第八。
第九名：中山大学附属第一医院
中山大学附属第一医院现已发展为一家位于国内一流前列的现代化三级甲等综合性医院，综合实力雄厚，是全国首批委省共建综合类国家区域医疗中心，入选了广东省首批高水平医院建设单位。学科优势突出，拥有5个国家重点学科、30个国家临床重点专科（全国第4），蝉联2018年、2019年复旦版中国医院排行榜全国第6。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第9。
第十名：浙江大学医学院附属第一医院
浙江大学医学院附属第一医院以综合实力雄厚、医疗质量过硬、学科特色鲜明享誉海内外，是国内开展大器官移植门类最齐全的医学中心之一。在2021年全国三级公立医院绩效考核国家监测指标结果中，医院综合排名位列全国第5，连续4年进入全国前1%。复旦大学医院管理研究所发布的《2020年度中国医院排行榜》中，医院综合排名全国第10，连续12年保持浙江第一。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第10。