南京康复科医院排名靠前的是南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院。
南京医科大学第一附属医院康复医学科：国内最早成立的康复学科之一，蝉联全国最佳专科声誉榜首，获CARF最高级别认证。南京鼓楼医院康复医学科：以骨关节与神经系统疾病康复为特色，多学科协作+先进技术赋能综合康复。东南大学附属中大医院康复医学科：省市级临床医学重点专科，构建区域性三级康复体系，心肺康复与神经、骨科康复协同发展。
1、南京医科大学第一附属医院 康复医学科
南京医科大学第一附属医院康复医学科作为国内康复医学领域的标杆学科，拥有国家重点临床专科、国家临床药物实验基地、国家卫健委脑卒中康复培训基地等多重国家级头衔，下设7大亚中心覆盖心脏、脑、肿瘤、儿童等细分领域。集医疗、教学、科研于一体，是国家级一流专业建设点，康复治疗专业通过WFOT国际最高等级认证，主持40余项国家级科研项目，获多项省部级奖项，学科带头人及骨干在国际国内学术组织担任重要职务。
2、南京鼓楼医院 康复医学科
南京鼓楼医院康复医学科作为国家级住院医师规范化培训康复医学专科培训基地，专注骨关节系统疾病与神经系统伤病康复，在脑卒中偏瘫、运动损伤、人工关节置换术后康复等领域经验深厚，整合物理因子治疗、运动治疗、传统康复等多元技术，拥有冷空气治疗仪、SPS悬吊康复系统等大批先进设备，开展骨折术后、脊柱相关疾病、帕金森病、慢阻肺等多类病症康复。
3、东南大学附属中大医院 康复医学科
东南大学附属中大医院康复医学科全国三级甲等医院首批创建的康复医学科，是南京市工伤保险定点康复机构、江苏省康复治疗师培训基地。擅长神经系统疾病（脑出血、脊髓损伤等）、骨关节病（骨折术后、脊柱侧弯等）、心肺疾病及代谢性疾病康复，创新开展早期康复、肉毒毒素治疗肌肉痉挛、疑难病症康复等特色技术。
4、东部战区总医院 康复医学科
东部战区总医院康复医学科前身为中央医院电疗科，历史底蕴深厚。依托综合性大医院优势，形成临床与康复一体化特色，是业内知名的康复医疗标杆。配备超短波、智能肢体康复训练系统等高端进口设备，专注神经康复（脑出血、脑外伤、脊髓损伤等）与骨科围手术期康复（四肢骨折、人工关节置换术等），同时擅长颈肩腰腿痛、急性炎症及心肺疾病康复。
5、南京市第一医院 康复医学科
南京市第一医院康复医学科前身为理疗科，先后成为南京市、江苏省临床医学重点专科。拥有中国康复医学会心脏病康复中心、国家工伤康复试点机构、国家级住院医师规范化培训基地等多重头衔，是南京市康复医学质控主委单位。设立神经、骨科、心肺、儿童四大亚专业组，擅长脑卒中、脊髓损伤、骨与关节损伤后功能障碍康复，以及心脏术后、脑瘫儿童康复评定与治疗。
