内蒙古医科大学第二附属医院擅长的科室有关节与运动医学外科、骨创伤科、小儿骨科、骨肿瘤科等。
1、关节与运动医学外科
内蒙古医科大学第二附属医院关节与运动医学外科，专业范围包括髋部关节内骨折、晚期骨关节疾病，如股骨头坏死、类风湿性关节炎、强直性脊柱炎、骨性关节炎、成人发育性髋关节脱位等疾病。诊治特色包括肩、髋、膝关节骨伤、骨病：如肩关节骨性关节炎、股骨颈骨折、骨性关节炎、强直性脊柱炎、系统性红斑狼疮性髋关节炎等疾病的保守治疗、手术治疗，围手术期管理，个体化施治及快速康复等。
2、骨创伤科
内蒙古医科大学第二附属医院骨创伤科多年来始终致力于骨盆、髋臼及年龄≥65周岁以上老年创伤骨科患者的临床诊断、治疗及基础研究。科室设有本专业独立病区，能独立开展该领域全部临床常规技术项目以及各类同领域高难度手术。每年开展切开复位内固定技术及微创理念治疗各类患者约900余例，临床开展的手术技术水平均属自治区领先水平，门诊和手术治疗数量居自治区首位，居华北地区领先水平。
3、小儿骨科
内蒙古医科大学第二附属医院小儿骨科，是治疗15岁以下儿童骨科肢体创伤、四肢及脊柱畸形、骨骼与软组织特异性和非特异性感染以及肿瘤等儿童骨与关节疾病的外科诊疗中心。在小儿四肢复杂创伤、发育性髋关节脱位、先天性马蹄内翻足、先天性高肩胛症及先天性手足畸形等方面的治疗稳居国内先进、自治区领先水平。
4、骨肿瘤科
内蒙古医科大学第二附属医院骨肿瘤科是自治区唯一的诊治骨与软组织肿瘤的专业科室。常规开展四肢骨肿瘤的切除、骨巨细胞瘤的治疗、骶骨与骨盆肿瘤的切除与重建、恶性骨肿瘤的化疗及保肢治疗；骨转移癌的综合治疗以及骨感染、骨髓炎等疾患的诊疗。同时骨科高难度的骶骨肿瘤切除与重建术的外科治疗达到国内先进水平。先后开展了骨肉瘤与软组织肉瘤综合保肢术、人工半肩关节置换术、3D打印保留关节的假体置换治疗肢体恶性肿瘤等10余项骨肿瘤诊治新技术。
