单县中心医院擅长儿科、妇产科、皮肤科、骨科、心血管内科等。
1、儿科
单县中心医院儿科成立于1960年，经过近半个世纪的发展壮大，现已成为鲁西南地区集医疗、教学、科研为一体，技术力量雄厚的儿童医疗、保健中心。本科主治、主管护师以上人员均经过北京、上海、重庆、南京、济南等地知名医院进修、培训。自1990年开展重症神经根炎并呼吸肌麻痹的治疗，已连续15年用人工呼吸机抢救近40例，全部抢救成功，达国内先进水平。
2、妇产科
单县中心医院妇产科承担全县及周边县妇女患者的医疗工作，全科人员不断更新知识，引进新技术，开展新工作，能正确处理高危妊娠和产科各种并发症，能全面熟练掌握高难度妇科手术，取得了良好的社会效益，处于荷泽地区领先水平。
3、皮肤科
单县中心医院皮肤科是单县中心医院的特色专科，门诊量3万多人次，是省内及周边地区先进的皮肤科。目的设有三个国内先进的治疗中心，激光治疗中心有国际上最先进的美国产四波长美肤激光；光疗中心引进世界上先进的荷兰菲利浦窄波UVB光源的大型光疗仓。
4、骨科
单县中心医院骨科成立于1986年，2015年成为菏泽市临床重点专科。开展了骨科亚专业划分，分为脊柱、关节、创伤三个专业。配有进口椎间孔镜、脊柱微创可扩张通道系统、进口关节镜系统、骨科专用牵引床、手术显微镜等医疗设备。
5、心血管内科
单县中心医院心血管内科是山东省医疗质量示范科室、菏泽市重点专科，对冠心病、风心病、先心病、心肌病、心肌炎、高血压病、急慢性心力衰竭及心律失常等方面的诊断与治疗，均有临床经验。开展介入诊疗技术，能够进行临时人工起搏术、二尖瓣球囊扩张术、冠状动脉造影术等操作。