贵州中医药大学第二附属医院擅长的科室有神经内科、消化内科、心血管内科、关节骨科、肝胆外科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、神经内科
贵州中医药大学第二附属医院神经内科为贵州省重点学科，省重点专科，贵阳中医二附院“十二五”规划重点建设强势学科，专科特色突出，临床优势明显，在省内神经内科领域有较大影响。设置有神经康复治疗室、神经电生理室、神经内科临床实验室，可开展神经内科临床常见、多发疾病及某些少见难治疾病的临床及基础研究工作。
2、消化内科
贵州中医药大学第二附属医院消化内科是贵州省重点专科，是贵州中医药大学博士/硕士学位授予点。是贵州省食管疾病规范诊治联盟成员单位，贵州中医药大学“中西医非感染性肝病诊疗研究所”。在中西医结合诊治慢性胃炎、炎症性肠病、慢性腹泻、便秘、消化道出血、脂肪肝、自身免疫性肝病、肝硬化、肝衰竭、炎、胆管结石、消化道肿瘤等胃肠道及肝胆胰脾疾病优势突出，临床上取得满意的疗效。
3、心血管内科
贵阳中医学院第二附属医院心血管内科集医疗、教学、科研一体的贵阳中医学院中西医结合强势学科，是贵州省中医重点专科。2010年心血管内科申请获得介入准入资质，是西南地区中医医院率先开展心血管疾病介入诊疗的单位。全面开展国内现有的心脏诊疗技术和方法。
4、关节骨科
贵州中医药大学第二附属医院关节骨科属贵州省中医药管理局中西医结合骨伤重点专科。擅长中西医结合治疗四肢骨折与关节脱位、脊柱骨折与脱位等骨科疾病，其中对股骨颈骨折，股骨粗隆间骨折，髋、膝增生性骨性关节炎，腰间盘突出症等病的治疗均有独特的治疗效果，具有消肿止痛快、损伤愈合快、功能恢复快、治疗周期短、并发症少等特点。
5、肝胆外科
贵阳中医学院第二附属医院肝胆外科是省唯一的中西医结合肝胆外科中心。该科在成立之初得到了中国人民解放军第三军医大学西南医院肝胆外科中心的大力支持。拥有德国狼牌、美国STORZ牌电视腹腔镜，日本奥林巴斯电子十二指肠镜、胆道镜，美国强生牌超声刀等大型医疗设备。该科以中西医结合为特色，在围手术期处理及各种肝胆外科疑难重症诊疗过程中，发挥中医优势，中西医结合，取得了满意的疗效。