南京心理咨询医院排名比较好的有南京脑科医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院、东部战区总医院等。心理咨询应就诊于心理咨询科，这些医院相关科室经验丰富，可以为患者提供高效、精准的诊断及治疗。
1、南京脑科医院
该医院医学心理科是国内成立较早，历史悠久，配置合理，同时具有临床心理门诊、临床心理病区及临床心理实验室的专科机构。同时还是国家临床重点专科（精神科）。在心理咨询与治疗领域已达到国内先进水平。
2、南京医科大学第一附属医院
该医院临床心理科是省内综合性医院中最早建立的同类科室，多年来一直负责南京医科大学本科等的教学任务，各方反映良好。临床医生实力雄厚，均受过正规的医学心理培训，有丰富的临床经验，可以为有需求的患者提供各种心理咨询或治疗。
3、南京鼓楼医院
该医院医学心理科是南京大学医学院、徐州医科大学、南京中医药大学教学实习基地。目前治疗的主要病种包括抑郁症、焦虑症、失眠症及心理咨询等，一直以来为江苏省及周边省市提供专业而优质的心理卫生服务，在该地区享有声誉。
4、东南大学附属中大医院
该医院心理咨询科是江苏省首家综合性医院设立的精神卫生专科，在该地区具有一定影响力。设置有独立的心理治疗室、沙盘治疗室、睡眠监测室和经颅磁刺激治疗室等，可以为患者提供最规范的诊疗或咨询服务。
5、东部战区总医院
该医院心理咨询科是由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成。熟悉心理咨询科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗躯体形式障碍、抑郁症、焦虑症、强迫症等方面具有显著优势。
小贴士：
想要进行心理咨询的患者建议到正规医院就诊，就诊前可通过电话、公众号、第三方平台预约挂号。如果存在心理疾病，建议与家人进行良好的沟通，最好在家属的陪同下就诊。就诊时保持心情舒畅，不要过于紧张。同时若明确自己的患病时间、病程长短也要告知医生，从而有利于医生对于疾病做出更好诊断及治疗。