南京比较好的口腔医院是江苏省口腔医院、南京市口腔医院、南京医科大学第一附属医院，江苏省口腔医院是口腔专科医院，多个科室均为临床重点专科，在复旦大学最新公布的排行榜中位列全国第8位，江苏地区第1位。南京市口腔医院是江苏省“十四五”重点学科，在复旦排行榜(口腔科)居全国前十；南京医科大学第一附属医院口腔科，是江苏省综合性医院中规模大、设施先进的口腔专业科室。
第一名：江苏省口腔医院
江苏省口腔医院是江苏省第一所三级甲等口腔专科医院、江苏省口腔卫生指导中心、江苏省口腔医学专业质量控制中心。其牙体牙髓病科、口腔颌面外科、口腔修复科、口腔正畸科均为国家临床重点专科，口腔医学主干科室均为省级临床重点专科。在2021年国家三级公立医院绩效考核中位列口腔专科医院第4位。在复旦大学医院管理研究所最新公布的中国最佳口腔专科声誉排行榜中，位列全国第8位，江苏地区第1位。
第二名：南京市口腔医院
南京市口腔医院在新中国成立后，被列为政府重点建设的5所全国中心城市口腔医疗机构之一。历经76余年发展，成为以临床口腔医学为优势，医疗、教学、科研、预防并重三级甲等口腔医院。现为国家住院医师规范化培训基地，是口腔医学专业本科、硕士、博士学位授权点。获批国家级一流本科专业授权点，江苏省“十四五”重点学科。连续2年位居中国医院科技量值排行榜(口腔医学)全国第七，复旦排行榜(口腔科)居全国前十。
第三名：南京医科大学第一附属医院-口腔科
南京医科大学第一附属医院口腔科，是江苏省综合性医院中规模大、设施先进的口腔专业科室，专注于口腔医疗、教学和科研，科室规模、开展的医疗项目和科室效率指标位居江苏省综合医院口腔科前列。口腔种植科、口腔颌面外科、口腔正畸科、口腔修复科为特色品牌专科。
第四名：南京鼓楼医院-口腔科
南京鼓楼医院口腔科，配备有口腔综合诊疗台、数字牙片机、超声洁牙仪等仪器，拥有专业的医护人员，科室积极引进新技术、新设备，促进了医疗服务质量的不断提高。其特色医疗包括龋病防治、牙髓及根尖周疾病诊疗，牙体缺损及牙列缺损、牙列缺失的修复，残根残冠的保存，前牙美容修复，各类牙拔除术，超声洁牙等。
第五名：东南大学附属中大医院-口腔科
东南大学附属中大医院口腔科，是省内市内三级甲等医院中较有影响的口腔专科之一。该科技术力量雄厚，现设有口腔内科、口腔外科、口腔修复科以及口腔正畸等较为齐全的诊疗科室。除了能够熟练开展各种常见口腔疾病的诊疗工作外，特别是在牙体缺损的桩核修复，牙列缺损的活动、固定修复，牙周病的联冠、套筒冠修复，夜磨牙的合板治疗等方面尤为特色。
第六名：东部战区总医院-口腔科
东部战区总医院口腔科，是南京市口腔医学专业委员会副主任委员和硕士研究生培养单位。下设口腔内科、口腔颌面外科等4个专科。在口腔颌面部恶性肿瘤的根治性手术及遗留缺损的组织瓣修复、颌面部创伤救治及血管瘤和脉管畸形的综合治疗等方面达到国内一流水平。
第七名：南京市第一医院-口腔科
南京第一医院口腔科规模在医、教、研方面都取得了不错的成绩，其规模在全市综合医院口腔科中名列前茅。常规开展补牙、拔牙、缺损牙修复、错颌牙正畸等。其中在被称为“人类第三付牙”的种植牙方面取得了突破性的成果。另外，牙齿美白也成为该科的特色服务项目之一。
第八名：南京市第二医院-口腔科
南京市第二医院口腔科，具有先进的诊疗技术和现代化的设备，集口腔内科、口腔修复、口腔正畸、口腔种植、齿槽外科、儿童牙病科多个专业于一身。科内除了能够熟练的开展各种常见的口腔疾病的诊疗工作外，还擅长疑难根管诊断和治疗，慢性牙周炎的序列治疗，各类错合畸形的矫正，牙体缺损以及牙列缺损后的各种活动、固定修复，微创拔牙，种植手术等。
第九名：江苏省中医院-口腔科
江苏省中医院口腔科现已发展为集口腔内科、外科、修复、正畸美容于一体的综合性口腔临床科室，担负着口腔疾病的门诊诊疗和预防保健工作。科室不断引进国内外先进技术和新项目，开展各种冠、桥、嵌体的修复，注重对残根残冠的保存性治疗，并形成以精密附着体、人工牙种植为重点的修复治疗技术。在颞下颌关节紊乱病、口腔黏膜病治疗上颇具特色。