阜外华中心血管病医院擅长的科室有成人心脏外科、内分泌科、心力衰竭科、冠心病重症监护科、麻醉科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、成人心脏外科
阜外华中心血管病医院成人心脏外科为“国家临床重点专科”、“河南省医学重点学科”，同时是“河南省心血管疾病临床研究与质量控制院士工作站”所在单位、河南省医师协会心血管外科医师分会会长单位及河南省医学会心血管外科分会候任主任委员单位；多年来在心血管疾病的预防、诊疗、科研、教学等方面一直是处于河南省心脏大血管外科的“龙头”地位，手术量连续多年居全国前十、河南第一，质量控制水平居全国前三。
2、内分泌科
阜外华中心血管病医院内分泌科是国家重点学科、河南省重点学科、河南省糖尿病防治中心。科室拥有先进的美敦力动态血糖监测系统和血糖仪，为糖尿病患者精细调整血糖提供了可靠的依据。开展糖尿病、代谢性疾病、下丘脑垂体疾病、肾上腺疾病（如皮质醇增多症、醛固酮增多症）、性腺疾病、甲状旁腺疾病的诊断与治疗。尤其是在糖尿病（糖尿病教育及糖尿病足治疗），甲状腺疾病（甲亢）领域具有丰富的临床经验。
3、心力衰竭科
阜外华中心血管病医院心力衰竭科是2004年成立的河南省第一个心衰病房，是河南省卫生厅授予的重点学科之一，也是国家临床重点专科。主要诊治冠心病、高血压、心肌病、心肌炎、风湿性心脏病、先天性心脏病、心律失常等疑难危重心血管疾病所引发的各类重症和顽固性心力衰竭。
4、冠心病重症监护科
阜外华中心血管病医院冠心病重症监护科医疗技术雄厚，担任收治心脏急危重症患者的任务,对冠心病急性心肌梗死、急性心梗合并心脏破裂、心源性休克、不稳定性心绞痛、恶性心律失常、重症心力衰竭、顽固性高血压病、暴发性心肌炎、心肌病、各种心脏瓣膜病、肺栓塞以及主动脉夹层动脉瘤等心血管危重病人的治疗抢救有着丰富的经验。其临床医疗水平达到国内先进水平。
5、麻醉科
阜外华中心血管病医院麻醉科是河南省人民医院心脏麻醉中心，集临床、教学、科研、互联智慧为一体，是河南大学、郑州大学麻醉硕士研究生和博士研究生培养基地，也是河南省麻醉质量控制中心和麻醉医师及麻醉护士规范化培训基地。麻醉科设备先进，配置有国内外高档的麻醉机、生命体征监护仪等，技术水平和管理水平居于国内先进，省内领先地位。