衢州三甲医院有衢州市人民医院、衢州市中医医院、衢州市第三医院等。衢州市人民医院先后引进了多个高端先进的医疗设备，在2019年全国三级公立医院绩效考核中位列143位。衢州市中医医院是衢州市唯一一家红十字冠名医院，是国家级非物质文化遗产“杨继洲针灸”的传承与保护单位。衢州市第三医院近五年主持立项课题32项，发表科研论文169篇，是衢州学院、衢州职业技术学院的教学医院。
第一名：衢州市人民医院
衢州市人民医院，是一所三级甲等综合性医院，在2019年全国三级公立医院绩效考核中位列143位（A等级）。先后引进了ECT、320排640层高速螺旋CT、3.0T磁共振断层扫描仪、全数字平板血管造影机（DSA）、IGRT医用直线加速器、高端彩色多普勒超声诊断仪、全自动生化分析仪、全自动血细胞分析流水线等高端先进的医疗设备，还将引进PET-CT、复合手术室（DSA+MRI）等。
第二名：衢州市中医院
衢州市中医医院，是国家级非物质文化遗产“杨继洲针灸”和市级非物质文化遗产“雷氏医学”的传承与保护单位。医院建于1992年，经过多年的建设和发展，现已成为集医疗、教学、科研、康复养生、预防保健为一体的衢州地区唯一一家综合性三甲中医院和国际紧急救援网络医院，是衢州市唯一一家红十字冠名医院。2021年成为浙江中医药大学附属四省边际中医院和浙江中医药大学衢州临床医学院。
第三名：衢州市第三医院
衢州市第三医院现为衢州市精神卫生中心、心理咨询与治疗中心、老年医学中心、康复医疗中心和衢州市社区戒毒治疗定点医院，同时也是衢州学院、衢州职业技术学院的教学医院。近五年，医院主持立项课题32项，其中厅局级7项；参与合作国家重点研发项目1项，参与合作省中医药科技计划项目1项；发表科研论文169篇，其中一级论文32篇，SCI收录4篇；举办国家级继教项目20项，省级继教项目18项。
第四名：浙江省医疗健康集团衢州医院
浙江省医疗健康集团衢州医院技术力量雄厚，医疗设备先进，不仅承担着衢化片区及衢州市其他区域的医疗保健和职业病防治任务，还接受江西、福建、安徽等毗邻省市县危重病人的救治任务。医院烧伤科和职业病与中毒救治科入选2021年度衢州市首批特色专科。在2019年度中国医院科技影响力排行榜中，烧伤科位列浙江省第2，全国第32；眼科是省市共建重点学科，肿瘤内科、肾内科是衢州市重点学科。