重庆市眼科医院比较好的是陆军军医大学第一附属医院、重庆医科大学附属第一医院、陆军军医大学新桥医院等。陆军军医大学第一附属医院眼科开展了眼科重点专科所要求的所有专科项目，干细胞治疗视网膜变性疾病研究方面居国际领先水平。重庆医科大学附属第一医院眼科在重庆乃至西南地区享有较高声誉；陆军军医大学新桥医院眼科已走在西南地区眼科前列，这些医院也比较好。
第一名：陆军军医大学第一附属医院-眼科
陆军军医大学第一附属医院眼科集医疗、教学、科研于一体的，开展了眼科重点专科所要求的所有专科项目，包括小儿眼科及斜视专业组、眼底病专业组、玻璃体视网膜手术专业组、白内障专业组、角膜病专业组、眼视光学专业组等。在国际上首次开展胚胎组织来源的RPC治疗视网膜变性临床试验，率先开展hESC-RPE细胞悬液移植治疗黄斑变性的临床试验，目前累计开展153列。干细胞治疗视网膜变性疾病研究方面居国际领先水平。
第二名：重庆医科大学附属第一医院-眼科
重庆医科大学附属第一医院眼科是集临床、科研、教学为一体的综合性科室，在重庆乃至西南地区享有较高声誉。是国家临床重点专科（建设项目）、国家眼耳鼻喉疾病临床医学研究中心重庆市分中心、重庆市唯一的眼科“两江学者”设岗单位等。连续8年（2013-2020）获复旦大学“中国医院最佳专科声誉排行榜”眼科专科提名，连续8年进入中国医学科学院“中国医院科技影响力排行榜”，在2017、2018、2019、2020年分别排名全国第五、第七、第十位、第十三位。
第三名：陆军军医大学新桥医院-眼科
陆军军医大学新桥医院眼科已走在西南地区眼科前列，拥有国内外最新最先进的医疗设备，包括高速玻璃体切割系统，23G、25G免缝线微创玻璃体切割系统，威视准分子激光系统，波前像差虹膜定位分析系统，白内障超声乳化机，多波长眼底激光机，810激光机，YAG激光机，眼表活体共聚焦显微镜等，诊治水平达到军内及国内先进。
第四名：重庆大坪医院-眼科
中国人民解放军陆军特色医学中心眼科一直致力于中国眼科事业发展。经过历代眼科工作者50余年的不断努力，眼科已发展成为集医疗、教学和科研为一体的综合性眼科。2010年，成立眼科专科医院，设白内障、青光眼、近视激光手术、眼底病内科、眼底病外科、眼外伤眼眶及眼整形、眼表疾病、斜弱视、激光眼科治疗和视光中心等10个特色亚专科，设备先进，技术力量雄厚，在白内障手术治疗、超高度近视矫正手术及青少年近视防控、疑难复杂性青光眼的诊治等方面处于国内先进水平。
第五名：重庆医科大学附属第二医院-眼科
重庆医科大学附属第二医院眼科是西南地区最早的眼科，集医疗、教学、科研为一体，拥有多名白内障、青光眼、眼底病、小儿眼科、角膜病及眼整形、泪道病、眼部肿瘤等手术专家，是重庆市老年眼病防治中心、重庆市近视防控小组组长单位、重庆市眼科联盟主席单位，担负着重庆市卫健委、重庆市残疾人联合会防盲治盲任务。
第六名：重庆市人民医院-眼科
重庆市人民医院眼科最早被授予“重庆白内障复明手术指导中心”，现在已形成集医疗、科研、教学为一体的大规模、高水平的综合性眼科，在重庆市享有极高的声誉，在西南地区乃至全国都有较大的影响。特色诊疗技术眼科设立有青光眼及白内障专业、眼外伤及视网膜玻璃体疾病专业、小儿眼科、泪道专科、眼眶及眼部整形、屈光手术专科、眼表疾病专科、中医眼科等七个专业组。
第七名：重庆市第九人民医院-眼科
重庆市第九人民医院眼科是重庆市北部地区最早的眼科，目前已经发展成为集医、教、研为一体，技术力量雄厚、设备先进的特色科室。是重庆市北部地区眼科复明中心、西南眼科联盟及重庆眼科联盟成员单位，是重庆市眼科医师规范化培训基地。专科技术（核心技术）白内障超声乳化吸除+人工晶体植入术、复杂性白内障摘除术、青光眼复合小梁切除术、引流阀植入术、玻璃体腔注药术、眼部整形术、泪囊鼻腔吻合术等。
第八名：重庆市南川区人民医院-眼科
重庆市南川区人民医院眼科所开展的医疗项目在南川区及周边区县内均属率先开展，并处于领先地位。于2020年8月南川区人民医院眼科正式成为政府授牌的“南川区儿童青少年近视防控中心”，承担南川区幼儿园及各中小学的近视筛查及防控工作。有蔡司OPMI1FRXY型手术显微镜、爱尔康INFINITI超声乳化仪、A超、角膜曲率计等设备，大大地提高了科室的诊断和治疗水平。
第九名：重庆市第五人民医院-眼科
重庆市第五人民医院眼科历史悠久，实力雄厚，专业技术精湛，先后为南岸区各医院、大型厂矿医院培养了一大批眼科专业人才。眼科设备和专业技术处于南岸区卫生系统领先地位。门诊分为：诊疗区、屈光手术中心、特检区、医学验光配镜部。拥有大量先进仪器：准分子激光近视治疗仪、美国爱尔康超声乳化仪、德国Zeiss眼底激光治疗仪、德国Zeiss光学相干断层扫描仪（OCT）等设备。
第十名：重庆市第六人民医院-眼耳鼻喉科
重庆市第六人民医院眼耳鼻喉科是集临床、教学、科研为一体的综合科室，重庆市临床重点专科。业务范围包括眼睑、结膜、泪囊炎、翼状胬肉、青光眼、白内障等手术；放射性白内障、电光性眼炎、噪声聋、爆震聋、铬鼻病等五官科相关职业病诊断、鉴别及治疗等。