南京呼吸科医院排名靠前的是东部战区总医院呼吸内科、江苏省人民医院呼吸与危重症医学科、南京鼓楼医院呼吸与危重症医学科等，东部战区总医院呼吸内科组建于1978年，是硕士、博士研究生和博士后培养学科，2023年获全国专科声誉排名提名。江苏省人民医院呼吸与危重症医学科是国家临床重点专科建设项目单位，90%以上临床医师拥有博士学位，在复旦大学医院管理研究所2014年度中国医院专科排行榜中位列全国前20、华东地区第5、江苏省第1。南京鼓楼医院呼吸与危重症医学科创建于1954年，是国家呼吸临床研究中心核心单位，2019年入选全国首批7家间质性肺疾病（ILD）诊疗示范中心。
1、东部战区总医院 呼吸内科
该科室组建于1978年，现为硕士、博士研究生和博士后培养学科。科室现有临床医师23人，其中主任医师3人、副主任医师7人、主治医师4人，配有普通床位70张、呼吸ICU床位15张，下设呼吸内镜室、睡眠呼吸检测治疗室、国家药物临床试验机构呼吸专业组等功能区，年收治各类呼吸病及呼吸危重症3600多人次，年门诊量5.3万多人次。科室核心特色为肺部肿瘤综合诊治、呼吸系统感染诊治、呼吸危重症救治，其肺癌多学科诊疗模式已累计诊治患者5000余例，可开展非典型病原体感染、重症肺炎、ARDS等疑难危重症救治。科研层面累计获省部级二等奖10项，承担国家自然基金面上和青年项目10项，发表论文1000余篇其中SCI论文121篇，累计培养毕业硕士77人、博士30人、博士后9人。
2、江苏省人民医院 呼吸与危重症医学科
该科室是国家临床重点专科建设项目单位、江苏省医学重点学科、江苏省呼吸病学诊疗中心，同时是国家首批硕士、博士学位授予点、卫生部首批呼吸内镜诊疗技术培训基地、江苏省呼吸内科质量控制中心。科室现有临床医师中90%以上具有博士学位，含教授/主任医师12名、副教授/副主任医师12名，博士生导师6名、硕士生导师11名，拥有国务院学科评议组专家、全国哮喘联盟总负责人等国家级、省级行业骨干多名。在复旦大学医院管理研究所2014年度中国医院专科排行榜中，该科位列全国前20、华东地区第5、江苏省第1。近年获国家科技进步二等奖1项、江苏省科技进步一等奖2项，近五年累计获国家级、省部级科研经费逾6000万元，发表SCI论文100余篇，获专利15项。
3、南京鼓楼医院呼吸与危重症医学科
该科室创建于1954年，是国家呼吸临床研究中心核心单位、中国罕见病联盟呼吸病学分会成员单位、江苏省临床重点专科，也是2019年中国医师协会呼吸分会认定的全国首批7家间质性肺疾病（ILD）诊疗示范中心之一，牵头建立江苏省省级ILD诊疗协作组。科室现有编制床位134张，含14张RICU床位，配套呼吸内镜中心、肺功能室、睡眠呼吸疾病诊疗室等功能区，开设肺间质病、肺小结节多学科等特色门诊。科研方面累计承担国家自然科学基金项目20项，参与科技部国家重点研发计划罕见病临床队列研究1项，主编《肺弥漫性疾病-临床、影象与病理》等呼吸疑难病相关专著4部。科室是国家PCCM专科医师规范化培训基地，年均举办国家级继续教育项目覆盖间质性肺疾病诊治等领域。
4、东南大学附属中大医院呼吸内科
该科室创建于1977年，1986年获批硕士学位授予点，2005年成为国家临床药物研究科室，2015年获评江苏省临床重点专科，2016年加入中国肺癌防治联盟肺结节诊治中心并成立集团肺结节诊治分中心。科室现有开放床位120张，含4张RICU床位，配备全套肺功能仪、电子支气管镜、荧光支气管镜等先进诊疗设备，年门诊量4万余人次，年住院病人4000余人次，年支气管镜下诊治1000余人次。科室核心特色为肺结节诊治及肺癌早期筛查、肺癌多学科综合诊治、呼吸介入诊治，其中肺癌诊治方向研究已有20余年历史，累计获10余项省部级科研基金资助，发表SCI、CSCD及核心期刊收录论文百余篇，培养硕士研究生数十人。
5、南京市第一医院 呼吸内科
该科室是江苏省级临床重点专科、国家PCCM科规范化建设三级医院优秀单位，也是国家级药物临床试验专业、国家级住培基地，“十二五”期间为南京医科大学校级重点学科。科室现有床位120张，设3个病区、1个15张床位的RICU及呼吸诊疗中心，现有在岗人员32人，其中主任医师6人、副主任医师6人，博士14人。科室核心发展方向为慢性气道疾病诊治、肺癌多学科诊疗、呼吸介入诊疗等，其中呼吸慢病管理处于全国领先水平，自主研发的呼吸慢病管理网络入库患者达3000余人；呼吸介入年完成支气管镜检查超2000例，年三四级手术500例以上，引进Lung-pro导航系统后1cm以下肺小结节诊断阳性率从不足30%提升至96.5%。
