内蒙古自治区国际蒙医医院擅长皮肤科、消化内科、蒙医脑病科、蒙医肺病科、蒙医老年病科等。
1、皮肤科
内蒙古自治区国际蒙医医院皮肤科始建于2012年，是集蒙医、西医临床、教学、科研为一体的皮肤病、性病、医疗美容专科，具有一流的临床诊疗水平，拥有先进的诊疗设备。系国家中医药管理局国家民族医重点专科、内蒙古自治区皮肤性病学领先学科，国家中医药管理局华北区域中医专科诊疗中心皮肤病专科联盟成员单位、中华医学会皮肤性病学分会国家级医疗美容示范基地、中华医学会皮肤性病学分会银屑病专病门诊。
2、消化内科
内蒙古自治区国际蒙医医院消化内科是国家中医药管理局“十二五”重点专科，科内人才层次、年龄结构配置合理，科室医师除开展临床医疗、教学外，还轮流承担胃肠镜的日常诊治工作和肠道门诊诊治工作，根据消化学科的特点。科室现有病床22张，现有主任医师3名，硕士研究生1名。有着雄厚的蒙西医结合优势。科内配有先进的各种专科诊疗设备，开展了一大批国家及自治区领先的消化疾病特色诊疗技术。
3、蒙医脑病科
内蒙古自治区国际蒙医医院蒙医脑病科是国家中医药管理局重点学科，始建于1987年，是内蒙古自治区中蒙医医院最早成立的专科之一，也是最有影响力和最有竞争实力的科室之一。各项业务指标名列全院前茅，连续数年荣获全院综合效益优胜奖﹑护理综合考评优胜奖等。
4、蒙医肺病科
内蒙古自治区国际蒙医医院蒙医肺病科属于救治急危重较多的科室之一，科室以蒙药特色为主，采取蒙医和现代医学相结合的方法，利用医院CT、MRI、DR、气管镜检查、心肺功能测定仪、彩色多普勒、呼吸仪等设备，诊治呼吸系统常见病、多发病、危重证等，如慢性支气管炎、蒙格日病肺气肿、肺心病、心肺功能不全、哮喘、过敏性鼻炎、肺部感染、肺热病、肺肿瘤、间质性肺病等。
5、蒙医老年病科
内蒙古自治区国际蒙医医院蒙医老年病科是集医疗养老、保健、康复、科研为一体的综合科。承担内蒙古自治区蒙医药研究所所内项目1项，2018年被选为“内蒙古自治区老年病专科联盟协同网络核心单位”、2019年被评为“内蒙古自治区（第二批）老年病特色专科”、2020年被评为“内蒙古自治区老年病专科联盟牵头单位”。具有专科特色突出，人才梯队建设完善的医疗团队。