北京看男科看的比较好的医院是中国人民解放军总医院、北京大学第一医院、北京大学第三医院等。中国人民解放军总医院泌尿外科是全军和全国领先、国际一流的泌尿外科中心，在复旦版专科榜中排名第二；北京大学第一医院男科中心是北京大学博士点和博士后流动站之一，是男科学科的“排头兵；北京大学第三医院男科拥有丰富的临床经验，在全国学术界有重要影响。
第一名：中国人民解放军总医院-泌尿外科
中国人民解放军总医院泌尿外科现已发展成全军和全国领先、国际一流的泌尿外科中心，2020年全国医院专科排行榜位居全国第2位。科室集临床、教学和科研于一体，设备齐全、技术力量雄厚、专业人才结构合理，设有结石外科、肾脏外科、膀胱外科、前列腺外科、肾上腺外科和男科6个亚专科和专业组和1个研究所。
第二名：北京大学第一医院-男科中心
北京大学第一医院男科中心是集医疗、教学、科研为一体的新建科室，是北京大学博士点和博士后流动站之一，是国内公立医院中规模最大，诊疗体系最全面的单位，是男科学科的“排头兵。设有男科特需门诊、男科专家门诊、手术室等，配备有全数字化膀胱尿道镜、尿道内切开镜等先进设备，业务范围包括婴幼儿男性性腺和性器官发育异常、青春期男性性器官和功能发育延迟、性功能障碍、男子节育与避孕等。
第三名：北京大学第三医院-男科
北京大学第三医院男科下设男性健康门诊及男科专家门诊，并建有男科检查室、男科手术室等。其诊疗范围为男性不育、男性性功能障碍、性传播疾病、前列腺疾病及其它男性生殖系疾病等。科室拥有丰富的临床经验、先进的实验室设备，能开展多项男性生育能力检测的实验，在全国学术界有重要影响。
第四名：北京大学人民医院-男科
北京大学人民医院男科是卫生部、教育部双重点学科，根据泌尿外科的主要疾病的病种，完成了亚专科的基本设置：泌尿系结石组、泌尿系肿瘤的腹腔镜治疗组、前列腺疾病组；尿控和盆底组、男科组、移植组，门诊还有体外震波碎石组。该科室在泌尿系结石诊疗和功能泌尿外科学术水平在国内的领先地位，同时男科及腹腔镜微创技术，也达到国内先进水平。
第五名：北京天坛医院-泌尿外科
北京天坛医院泌尿外科，至今已发展成集医疗、教学、科研、预防于一体的、学科特色鲜明的优秀科室，2018年荣获北京市医管局“重点医学专业”称号。科室拥有3D腹腔镜、高清腹腔镜、输尿管电子软镜等设备，可开展腹腔镜下根治性膀胱全切加可控性回肠膀胱术、腹腔镜下前列腺癌根治术等手术。与神经外科合作开展经腰入路肾周神经鞘瘤切除等技术处于国内先进水平。
第六名：首都医科大学附属北京同仁医院-泌尿外科
首都医科大学附属北京同仁医院泌尿外科，在肾上腺疾病、泌尿系结石、泌尿系肿瘤、前列腺疾病、男科疾病的诊治方面积累了丰富的经验。拥有先进的大型体外冲击碎石机，电切镜、肾镜，输尿管镜、EMS超声碎石设备、腹腔镜等一系列设备。并且不断引进先进的技术设备，利用神经功能重建仪治疗男女性尿失禁，光动力治疗预防膀胱癌的术后复发取得了良好的效果。
第七名：首都医科大学宣武医院-泌尿外科
首都医科大学宣武医院泌尿外科设有泌尿系肿瘤、结石、神经源性膀胱、尿控、男科等专科门诊，拥有腹腔镜手术设备，输尿管软镜、硬镜，经皮肾镜等设备，广泛开展肾癌、膀胱癌、前列腺癌、输尿管癌等腹腔镜微创手术等，在泌尿系肿瘤、结石和神经源性膀胱的诊治方面已经达到国内先进水平，已成为医教研相结合的泌尿外科疾病诊治中心。
第八名：中日友好医院-男科
中日友好医院男科开设不育症、精索静脉曲张、前列腺疾病等专病门诊，开展了全面细致的男性性功能检查，包括性激素、生化检查、阴茎彩色超声血流检查、夜间阴茎勃起功能记录、阴茎神经敏感度测定等，对每个患者的性功能状况进行个体化评估，继而进行药物与心理辅导相结合的综合治疗与个体化治疗，还能进行特色的中西医外治疗法(穴位刺激治疗、温经通络热疗、生物反馈治疗等)。
第九名：首都医科大学附属北京安贞医院-泌尿外科
首都医科大学附属北京安贞医院泌尿外科形成了前列腺外科和肾上腺外科两个特色方向，能够完成泌尿生殖系统所有难度类型的手术，手术内容涵盖腹腔镜下肾部分切除术、肾癌根治术、输尿管癌根治术等，泌尿生殖系统肿瘤、肾上腺疾病、前列腺增生以及泌尿系结石是科室收治的主要病种。