淮安市中医院擅长肾病科、脑病科、肿瘤科、肛肠科、心血管科。上述科室具有先进的治疗水平，能够为患者提供可靠的诊疗基础和保障。
1、肾病科
是江苏省中医重点专科，学科坚持西医功能齐全、中医特色显著的发展原则，突出中医特色，充分发挥专科功能，形成了具有一定优势的特色专科方向，对急慢性肾衰、慢性肾炎、肾病综合征等疾病已经形成一整套中西医结合的特色治疗方案。
2、脑病科
是江苏省中医重点专科，科室已经建设成为中医特色明显，西医治疗规范的区域性脑病中心，拥有中风、眩晕、头痛及失眠四个治疗中心，疗效显著，同时开展省、市级科研多项。
3、肿瘤科
是国家级中医肿瘤重点专科协作单位、江苏省中医重点专科、淮安市中医重点专科，科室坚持以中医为主，中西医结合的建科理念治疗临床各种肿瘤，科内制定的红乌胶囊、蛇竭散、穴位贴敷方等协定方在肿瘤治疗方面得到广泛使用。
4、肛肠科
是全国中医重点专科、淮安市肛肠病诊疗中心，擅长运用中西医结合的方法治疗痔、肛裂、肛周脓肿、肛瘘等肛肠疾病，专科特色制 剂“肛门安”、“止痒洗剂”、“抗炎合剂”等临床运用广泛、疗效佳。
5、心血管科
是江苏省中医药重点学科，开展耳穴埋籽、穴位敷贴、中药足浴、艾灸等多种中医药特色诊疗技术，为患者制订中西医结合的个性化诊疗方案，有效缩短了治疗时间，减轻了患者的痛苦，提高了患者的生活质量，在淮安及周边地区有着良好的口碑。
