中山大学孙逸仙纪念医院擅长泌尿外科、普外科、急诊科、骨科、妇科。上述科室的诊治技术和规模上均已达到国内先进水平，患者可自行就医。
1、泌尿外科
是中国泌尿外科发源地。在这里开展了我国第一例膀胱切开取石术、中国第一例经尿道碎石术，复旦专科声誉排行榜中排名第五，肿瘤、微创、结石亚专科达到国内领先水平。
2、普外科
是国家临床重点专科，是华南地区规模最大和整体实力最强的同类专科之一。下设乳腺肿瘤中心、肝胆外科、胆胰外科、胃肠外科、血管外科、甲状腺外科等6个亚专科。年门诊患者超十万人次，带动了华南乃至全国相关领域医疗水平的提高。
3、急诊科
是国家临床重点专科建设项目，广东省高水平专科建设项目，目前已经发展成为国内领先的急危重症诊治中心。承担区域内院前急救任务，急诊量居广州市前列。
4、骨科
是国家临床重点专科、国家住院医师规范化培训基地。科室在脊柱骨盆肿瘤综合治疗方面，是国内较早开展脊柱肿瘤治疗中心之一，在华南地区处于领先地位。
5、妇科
是集医、教、研综合实力为一体的专业学科，主要诊治妇科内分泌疾病和各种良性妇科疾病，妇科内分泌疾病诊治水平处于省内领先、国内先进地位。在女性绝经期疾病的诊治和管理领域处于广东省内领先、国内先进水平。
