牡丹江医学院附属第二医院擅长消化内科、普外科、泌尿外科、儿科、妇产科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、消化内科
牡丹江医学院附属第二医院消化内科被评为铁道部重点专科，获得“全省优秀质量信得过班组”、“全省用户满意服务明星班组”荣誉称号。是省东部地区消化疾病及消化内镜诊治中心，全科上下一直致力于消化病和消化内镜的基础研究和临床诊疗，在医疗技术水平、科研教学能力等方面取得了长足的进步和提高。特色开展内镜下内痔硬化剂注射治疗、内镜下消化道早期肿瘤黏膜剥离等技术，技术水平居牡丹江地区领先地位。
2、普外科
牡丹江医学院附属第二医院普外科是医院重点专科、牡丹江市医学重点专科，专业队伍是由一批临床经验、理论知识丰富的高素质人才构成，设备先进、齐全，在牡丹江地区乃至省内有较高声誉。目前科室手术范围包括腹腔镜疝修补术、腹腔镜阑尾切除术、腹腔镜甲状腺次全切除术等，腹腔镜技术达到国内先进水平。普外科除了负责临床外科工作还承担着教学和科研任务，在韩主任的带领下，科室在临床、教学、科研等方面均取得了长足进步，成为医院的精品科室。
3、泌尿外科
牡丹江医学院附属第二医院泌尿外科是一个兼医疗、科研、教学为一体的，以微创治疗和肿瘤治疗为特色的专业科室。尤其在尿路结石、前列腺增生症、泌尿系肿瘤的治疗领域方面在黑龙江省及牡丹江市内居领先地位。其中腹腔镜下肾切除术、腹腔镜下肾上腺切除术等居省市先进项目，并参与编写《老年泌尿外科学》《男性泌尿及生殖系统肿瘤的外科治疗》等书。
4、儿科
牡丹江医学院附属第二医院儿科具有五十余年的历史，在市内具有一定影响力，是以新生儿科、儿内科、儿童保健、康复训练为主的综合性科室，是牡丹江市儿科重点科室。儿科医护人员人才济济，拥有全市知名的优秀专家和技术骨干，有全市领先的精良、先进的设备，能够提供最优质的医疗服务。儿科具有全市领先的医疗技术力量，对于儿科各系统疾病常见病治疗有着丰富的经验。
5、妇产科
牡丹江医学院附属第二医院妇产科为牡丹江市级重点科室，具有牡丹江地区最先进的医疗设备，人才济济，技术力量雄厚，可以达到国内最先进的医疗诊断及治疗措施。可以完成妇科最先进的微创手术，如腹腔镜下全子宫切除术、卵巢瘤手术、异位妊娠手术，均达到牡丹江地区最先进的水平。同时可以完成产科中的妊娠高血压疾病、心脏病、糖尿病、血小板减少症、妊娠期肝内胆汁淤积症等一切合并症及并发症的处理，具有会诊快、抢救快的优点，使得患者更加放心和信赖。