治疗消化不良建议就诊于消化内科，北京市治疗消化不良排名靠前的医院分别为北京协和医院消化内科、中国人民解放军总医院消化内科、首都医科大学附属北京友谊医院消化内科，其中北京协和医院消化内科是国内外极具影响力的重点学科，由业界泰斗培育而成；中国人民解放军总医院消化内科拥有国际一流内镜中心，多项技术达国际领先水平；首都医科大学附属北京友谊医院消化内科以内镜介入诊疗为特色，是国内领先、国际知名的重点学科。
1、北京协和医院 消化内科
科室作为北京协和医院成立最早的专科之一，历经几代人发展，已成为国内外极具影响力的重点学科。科室亚专业齐全、临床与实验室技术雄厚，是高水平消化病学、内镜学及疑难重症诊治中心，还设有面向全国的炎症性肠病、胰腺疾病诊治中心及消化内镜培训中心等核心机构，在疑难消化疾病诊疗领域极具权威性。
2、中国人民解放军总医院 消化内科
科室涵盖总院消化内科医学部与海南分院消化内科，总院是中华医学会消化病分会、消化内镜学分会主任委员所在单位，获评北京市重点学科、全军首批国家临床医学专科中心建设单位。科室亚专业完备，拥有国际一流、规模与技术领先的消化内镜中心，率先定名完善消化内镜隧道技术、提出超级微创手术新概念，科研成果丰硕，斩获国家科技进步二等奖等多项国内外顶级奖项，在急危重症救治与技术创新方面成果卓著。
3、首都医科大学附属北京友谊医院 消化内科
科室是首都医科大学消化病学系挂靠单位、国家重点（培育）学科、北京市重点学科，以内镜介入微创诊断与治疗为核心特色，在国内处于领先、国际享有盛誉。科室在消化系疑难病及肿瘤诊治领域不断突破，承担多项国家级、省部级重点科研项目，主办国际消化疾病论坛、承办全国消化医师进修班，带动基层医疗机构发展，联合相关科室成立北京市消化疾病中心，综合诊疗优势突出，多次获评全国及市级先进集体。
4、北京大学第一医院 消化内科
科室由曾任中华医学会消化病学分会主任委员的贾博琦教授与北医名医张树基教授于1978年改建而成，是国家教委消化病学博士点、卫生部认定的消化专业临床药理基地，也是国家规范化培训基地。历经多位知名专家引领，建立起规范的内镜诊疗室、消化实验室等完善诊疗体系，在医疗、教学、科研领域成果斐然，培养了大批优秀医学人才，在消化疾病规范化诊疗与人才培育方面极具影响力。
5、北京大学第三医院 消化科
科室作为第一批国家临床重点专科，建院之初便开展消化内镜相关检查，是国内最早开展消化内镜技术的单位之一。拥有北京大学消化疾病研究中心，是全国消化医师正规内镜培训基地、国家首批ERCP培训基地，开创国内多项内镜技术先河。获批幽门螺杆菌感染及上胃肠疾病诊治研究北京市重点实验室，承担多项国家级科研课题，斩获多项省部级、国家级科技奖项，在早期胃肠癌诊治、胆胰疾病介入等领域处于国内领先水平。
