小三阳建议就诊于感染病科，江苏治疗小三阳医院排名靠前的是江苏省人民医院感染病科、南京市第二医院肝病科、南京鼓楼医院感染性疾病科等，江苏省人民医院感染病科近十年连续三年华东地区声誉排名前五、江苏省排名第一（根据复旦大学医院排行榜），是省内最早的传染病专业博士学位授予点；南京市第二医院肝病科为国家、省、市重点专科，擅长各类疑难肝病规范化诊疗；南京鼓楼医院感染性疾病科是江苏省临床重点专科，为慢乙肝临床治愈工程江苏省示范基地。
1、江苏省人民医院 感染病科
该科室近十年中连续三年在华东地区声誉排名前五、江苏省排名第一（根据复旦大学医院排行榜），始建于1954年，是省内最早的传染病专业博士学位授予点、卫生部传染病专科医师培训基地。配备独立P2+实验室，可开展肝穿刺活检、人工肝支持等特色技术，能够规范评估小三阳病情、制定抗病毒方案，同时救治重症肝病、新发传染病、多重耐药菌感染、中枢神经系统感染等危重病症。
2、南京市第二医院 肝病科
该科室是国家、江苏省、南京市重点专科，为东南大学及南京中医药大学硕士研究生培养点，先后斩获省、市级科技进步奖项，多项肝病相关课题顺利立项。深耕各类疑难肝病的鉴别与管理，可对小三阳开展长期随访、个体化抗病毒方案制定，同步诊治重型肝炎、肝硬化、自身免疫性肝病、遗传代谢肝病、不明原因肝病与肝癌，形成成熟的疑难肝病诊疗体系。
3、南京鼓楼医院 感染性疾病科
该科室是江苏省临床重点专科，为江苏省医学会感染病学分会主委单位，建有南京大学病毒与感染病研究所，是珠峰计划（中国慢乙肝临床治愈工程）江苏省示范基地。配备无创肝纤维化检查室、人工肝治疗室，依托免疫评估体系为小三阳患者制定精准抗病毒策略，同时开展脂肪肝规范化管理、肝衰竭人工肝救治，擅长不明原因发热、各类疑难细菌真菌感染的诊治。
4、东南大学附属中大医院 感染性疾病科
该科室是东南大学硕士学位授予点，多次参与各类重大突发传染病的一线救治工作，获得地方疾控部门表彰，深度参与院内脂肪肝、肝癌多学科联合诊疗。在慢乙肝干扰素个体化治疗、多药耐药防控方面积累丰富经验，可长期监测小三阳患者病毒变化，及时调整抗病毒方案，还可对不明原因发热、真菌细菌耐药感染、代谢性肝病开展规范化诊疗。
5、苏州大学附属第一医院 感染病科
该科室是江苏省首批临床重点专科、国家级药物临床试验机构（肝病专业组），拥有内科博士、硕士授予资质，也是江南地区人工肝技术培训中心。较早开展免疫调控抗病毒、人工肝、干细胞移植等技术，可对小三阳进行长期病情监测与抗病毒管理，在重型肝炎、肝衰竭、肝硬化腹水的救治上优势突出，同时承接各类感染性疾病、发热待查患者的诊疗工作。
