郑州大学第二附属医院擅长心血管内科、胸外科、神经外科、妇科、产科等。这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、心血管内科
郑州大学第二附属医院心血管内科科室专业设置齐全、布局结构合理。由五个普通病区、CCU、心脏康复中心、心脏介入中心、高血压研究所组成。近几十年来科室精于心血管疾病的综合救治，在冠心病、高血压、心律失常、心力衰竭、心肌炎、心肌病、瓣膜性心脏病、先天性心脏病等常见病的诊断、治疗与护理形成了一套完整体系，尤其在复杂冠心病的综合治疗、顽固性心力衰竭、心肌炎等重症领域有较深研究。
2、胸外科
郑州大学第二附属医院胸外科目前广泛开展各类胸腔镜下肺、食管及纵隔手术治疗，尤其在微创肺叶切除及精准肺段切除术、食管癌微创及规范化治疗领域居领先水平。科室承担国家自然科学基金项目、省级继续医学教育项目和多项省级科研项目，获得多项省级科技成果奖并被广泛推广应用。
3、神经外科
郑州大学第二附属医院神经外科为河南省卫计委重点专科，是医院重点支持的临床学科，在省内外享有较大的声誉。主要收治三叉神经痛、面肌痉挛、难治性耳鸣、癫痫、帕金森病、特发性震颤、痉挛性斜颈等神经系统功能性疾病。
4、妇科
郑州大学第二附属医院妇科设有妇科肿瘤治疗组、盆底障碍性疾病及外阴、阴道微整形治疗组、高强度聚焦超声及微波消融治疗子宫肌瘤、子宫腺肌病无创、微微创治疗组、普通妇科疾病宫腹腔镜微创治疗组及反复性流产保胎治疗组。掌握国内、国际领先的各项微、无创技术，免开腹率达90%以上。针对各种妇科疑难杂症、危重症患者治疗手段合理、疗效满意、并发症合并症发生率低。
5、产科
郑州大学第二附属医院产科入选国家临床重点专科，产科坚持以“倡导自然分娩，提倡母乳喂养，降低剖宫产率”为目标，在产科急危重症的处理上有着丰富的临床经验，针对凶险性前置胎盘国内首创超声介导下低位腹主动脉球囊预置术下剖宫产术，国内首例ECMO宝宝于产科出生。
