长治市第二人民医院擅长妇科、儿科、皮肤科、普外科、康复医学科等。
1、妇科
是长治医学院教学基地，是长治市第二人民医院重点科室，是首都医科大学附属北京妇产医院微创中心、山西省肿瘤医院战略合作协作机构。科室拥有最先进的日本奥林巴斯高清腹腔镜、宫腔镜及电子阴道镜等微创诊疗设备，妇科手术90%以上均通过微创完成。单孔腹腔镜手术开创了长治先河，真正做到了微创妇科、微创治疗。
2、儿科
是一集医疗、教学为一体的特色科室。配有先进的诊疗设备，拥有陪新生儿家化病房，可提供家属陪护、产后护理、喂养指导、新生儿游泳、新生儿抚触等新型护理服务。科室现有医护梯队完整，医生诊疗经验丰富，熟练掌握儿童社区获得性肺炎、婴幼儿腹泻、儿童哮喘、重症肺炎、小儿皮肤病、新生儿高胆红素血症、新生儿败血症、新生儿窒息等常见病、危重病的诊疗工作。
3、皮肤科
设有普通病房、疑难重症病房，拥有红蓝光治疗室、冷疗、中药塌渍、处置室等诊疗单元，为患者提供了多样化的检查及治疗手段。科室积极引进国内外先进技术，除常见皮肤病的诊疗外，对荨麻疹、湿疹、过敏性皮炎、药疹及儿童皮肤病等皮肤病形成一套具有特色的诊疗体系，在皮肤病理学诊断和中西医结合治疗各种皮肤病方面具备了较高的诊疗水平。
4、普外科
是外科系统最大的专科。现发展成为技术力量雄厚，学术水平较高，人员结构合理，诊疗护理到位，以普外肿瘤综合治疗为基础，腹腔镜微创治疗为特色的，集医疗，教学，科研为一体的普外专业学科。临床诊疗范围包括胃肠道疾病、肝胆胰脾疾病、疝和腹壁外科疾病、乳腺疾病、甲状腺疾病、外周血管疾病、腹部外伤性疾病等。
5、康复医学科
是山西省康复专业质控中心哨点医院、山西省首家工伤康复医疗试点机构、长治市工伤康复定点医院、长治市重点康复学科。设有独立的康复评定室、康复中心、理疗中心、传统康复治疗室、中药薰蒸室、独立病区、护理单元、门诊室(含门诊治疗室)、支具制作室，主要收治各类功能障碍患者。开展的治疗方法有物理因子疗法、运动疗法、作业疗法、心理评估及睡眠障碍治疗等。