乌鲁木齐消化内科医院排名比较靠前的是新疆维吾尔自治区人民医院、新疆医科大学第一附属医院、新疆医科大学第二附属医院。
新疆维吾尔自治区人民医院消化科是全疆消化重点专科和质量控制中心，内镜诊疗规模与技术水平国内先进。新疆医科大学第一附属医院消化科内镜技术起步早，多项微创治疗疆内领先。新疆医科大学第二附属医院消化内科分设胃肠和肝病病区，疑难重症救治能力突出。
1.新疆维吾尔自治区人民医院 消化科
新疆维吾尔自治区人民医院消化科是新疆消化病诊疗质量控制中心、全疆首批消化重点专科，也是多个国家级内镜培训基地。科室开展消化道早癌筛查与微创治疗、胆胰疾病内镜诊疗、小肠镜及胶囊内镜、POEM等隧道技术，在疑难肝病、炎症性肠病、重症胰腺炎诊治上实力雄厚，科研成果丰硕，是全疆消化疾病诊疗核心机构。
2.新疆医科大学第一附属医院 消化科
新疆医科大学第一附属医院消化科是自治区级重点学科支撑科室，曾在全国率先开展胰胆管造影术并获省级科技进步奖。科室拥有疆内一流内镜中心，常规开展EMR、ESD、POEM、超声内镜等先进技术，同时承担大量教学与进修医师培训任务，诊疗水平位居疆内前列。
3.新疆医科大学第二附属医院 消化内科
新疆医科大学第二附属医院消化内科是医院重点培育科室，为多个省级消化联盟重要成员单位，分设胃肠、肝病两大病区。科室在消化道出血、重症胰腺炎、肝硬化、肝性脑病等急危重症抢救上经验丰富，开展消化道及胆道介入治疗、支架置入等特色技术，长期有沪上知名专家指导，疑难杂症诊疗能力较强。
4.新疆医科大学第五附属医院 消化内科
新疆医科大学第五附属医院消化内科配备完善内镜中心，可熟练开展EMR、ESD、POEM、STER、ERCP、EUS-FNA等全套消化内镜微创技术。科室开设胃食管反流病专病门诊，对食管胃肠疾病、肝硬化、胰腺炎、炎症性肠病等疑难病症诊疗效果显著，急诊内镜与镜下止血治疗水平突出。
5.中国人民解放军新疆军区总医院 消化内科
中国人民解放军新疆军区总医院消化内科团队临床经验丰富，科室在急性腹痛、消化道出血、腹水、功能性便秘、贲门失弛缓症、急慢性胰腺炎、各类胃肠黏膜病变等常见病与疑难病诊治方面具有明显优势，对消化急危重症的处置规范高效。
