重庆消化内科排名第一的是陆军军医大学第一附属医院，该科室提名全国复旦专科排行榜，也是国家重点（培育）学科、国家临床重点专科，还是国家首批、全军最早的消化系病硕士及博士学位授权点。还有重庆医科大学附属第一医院、陆军军医大学新桥医院的消化内科，前者为国家临床药理基地，重庆市消化疾病诊疗中心，内镜诊疗方面达到国内先进水平；后者为国家重点培育学科、重庆市消化内科学临床医学研究中心。
第一名：陆军军医大学第一附属医院-消化科
陆军军医大学第一附属医院消化科为国家首批、全军最早的消化系病硕士及博士学位授权点、博士后流动工作站、国家临床药理基地等。先后获评为国家重点（培育）学科、重庆市高校重点实验室、国家临床重点专科、重庆市青年专家工作室。同时，消化内科也是国家临床药理基地消化专科病房、国家消化道早癌防治中心联盟首批成员单位、卫生部内镜诊疗技术培训基地、中华消化内镜学员培训基地、中国医师协会消化内镜医师培训基地等；并于2016年成立消化内科亚专科中心-胆汁淤积肝病中心。先后为中国医院科技影响力排行榜消化病学上榜科室、复旦排行榜消化病学提名科室。
第二名：重庆医科大学附属第一医院-消化内科
重庆医科大学附属第一医院消化内科现为博士、硕士学位授予点，国家临床药理基地，重庆市消化疾病诊疗中心，现已建成一个集临床、内镜诊疗技术、科研、教学和优质护理于一体的现代的消化内科，近年来在内镜诊疗方面达到国内先进水平。在西南地区率先开展ERCP、超声内镜引导下胰腺脓肿穿刺引流术、内镜清创术、胰腺囊肿消融术、胆道引流术(EUS-BD)、胃底曲张静脉栓塞术(EUS-SVD)等。
第三名：陆军军医大学新桥医院-消化内科
陆军军医大学新桥医院消化内科，目前是国家重点培育学科、重庆市消化内科学临床医学研究中心、博士和硕士学位授权点学科、中华医学会消化内镜专科医师培训中心重庆培训基地、中华医学会消化内镜学分会OMOM胶囊内镜培训中心、中国医师协会麻醉学医师分会无痛内镜培训基地、国家和军队药物临床试验基地、中华医学会消化病学分会委员单位、重庆市消化病学主委单位、重庆市医师协会消化内镜医师会长单位，连续五年复旦排行榜最佳专科提名学科。科室以消化道肿瘤的基础与临床、重症急性胰腺炎的临床救治、消化系疾病的内镜下微创治疗、 血管介入诊疗、胶囊内镜的研发及临床应用、离子通道与消化系疾病、生物仿生材料在内镜创面中应用、肠道微生态与消化系疾病为主要研究方向。
第四名：重庆大坪医院-消化内科
重庆大坪医院消化内科综合水平在全军及重庆市三甲医院中处于领先地位。主要在慢性肝病诊治、消化道早癌内镜下诊断及治疗、血管介入技术等消化疾病的应用及胃肠动力紊乱疾病诊治上具有鲜明特色。对酒精性及非酒精性脂肪肝、肝纤维化、肝硬化、肝癌、重症肝炎等肝病的内科治疗有着系统深入的研究。
第五名：重庆医科大学附属第二医院-消化内科
重庆医科大学附属第二医院消化内科是重庆市重点学科、重庆市临床重点专科、重庆市消化内镜医疗质量控制中心、重庆市肝病治疗研究中心等，已发展成为医疗技术实力雄厚、临床服务能力和教学科研成绩突出的位居西部领先行列的学科。其中，消化道早癌的内镜下诊疗水平在重庆市名列前茅。
第六名：重庆市人民医院-消化内科
重庆市人民医院消化内科为重庆市消化专业重点专科，是国家规培生培训专业基地，为重庆医科大学、西南医科大学等高校实习基地，是集医、教、研一体的消化系统疾病综合诊疗专科。多年来学科对消化系统常见多发疾病的诊治形成了一套严谨、规范的工作制度，对消化系统危重急病及疑难杂症诊治经验丰富。
第七名：重庆市公共卫生医疗救治中心-消化内科
重庆市公共卫生医疗救治中心消化内科常年开设有2个肝病门诊，1个消化门诊。有全国著名肝病专家坐诊。科室团队擅长诊治急慢性胃炎、胃食管反流病、消化性溃疡、功能性胃肠病、慢性肠炎、炎症性肠病、痔疮、便秘、消化道出血、消化道肿瘤、急性和慢性胰腺炎等。开展普通和无痛胃肠镜检查、空肠营养管置放、内镜下止血术、消化道异物取出术、氩离子血浆凝固术、消化道息肉切除术、食道曲张静脉套扎术等。
第八名：重庆市第九人民医院-消化科
重庆市第九人民医院消化科是北碚区临床重点专科、重庆市医疗特色食管疾病专科、重庆市住院医师规范化培训基地、西京消化病医院北碚区整合医学中心。拥有一支技术力量过硬的医护队伍，全科医护技术人员共35人，全科有10人在省、市级学术团体担任副主任委员、常委、委员。
第九名：重庆市南川区人民医院-消化内科
重庆市南川区人民医院消化内科，现已发展成为集临床、教学、科研为一体的南川区消化疾病疑难重症诊治中心、重庆市临床重点专科。科内拥有日本富士、奥林巴斯内镜主机，电子胃镜，电子结肠镜等先进医疗设备。率先在南川区及周边地区开展ERCP，ESD及EMR，EUS-FNA，食道胃底静脉曲张镜下注射及结扎治疗等重点、复杂和高风险技术，部分技术达到市内先进水平。
第十名：重庆市第五人民医院-消化内科
重庆市第五人民医院消化内科2016年成为南岸区临床重点专科。设食管胃肠道疾病、肝脏疾病、胰腺疾病、内镜及血管介入等四个亚专业组。配置有奥林巴斯260高清放大及290高清等电子胃肠镜、胶囊内镜、可控胶囊胃镜、超声内镜、氩气刀、高频电刀及多功能心电监护等先进设备。可开展无痛胃肠镜及急诊胃肠镜检查、可控胶囊胃镜及胶囊内镜检查；内镜下早癌诊断及治疗；食管支架置入术及食管狭窄扩张术等治疗。