南京胆结石医院比较好的是南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院，胆结石可以去肝胆中心就诊，南京医科大学第一附属医院的肝胆中心在国内外享有盛誉，是一个研究型的临床医学中心，主攻肝内外胆管结石、肝癌等疾病。南京鼓楼医院肝胆胰外科为国家重点学科、江苏省肝胆疾病临床医学中心，东南大学附属中大医院肝胆胰外科为江苏省最大的肝胆胰外科专科中心之一。
第一名：南京医科大学第一附属医院-肝胆中心
南京医科大学第一附属医院肝胆中心，是一个研究型的临床医学中心，国内外享有盛誉。近几十年来实施各种术式的肝切除万例以上，疗效达国际先进/领先水平，是国内最具影响的肝脏外科中心之一。主攻肝内外胆管结石、肝癌、肝门部胆管癌、胆囊癌、转移性肝癌、胆道肿瘤及相关消化系统肿瘤等疾病，专注肝移植、活体肝移植治疗肝硬化、肝癌、肝功能衰竭、代谢性肝病、儿童终末期肝病等。
第二名：南京鼓楼医院-肝胆胰中心
南京鼓楼医院肝胆胰外科是国家重点学科，江苏省肝胆疾病临床医学中心，江苏省临床重点专科。手术成功率和病人生存率居国内领先，近年来，开展了骨髓干细胞共培养构建生物人工肝的基础研究，获得了突破性进展，成果获得多项省部级科技成果大奖，并获得多项国家发明专利。每年完成各种复杂肝胆外科手术千余例，如胆结石等疾病的外科治疗等水平处于领先地位。
第三名：东南大学附属中大医院-肝胆胰外科
东南大学附属中大医院肝胆胰外科，是江苏省最早成立的肝胆胰外科之一，目前已成为江苏省最大的肝胆胰外科专科中心之一，是东南大学医学博士学位、硕士授权单位；江苏省临床重点专科，江苏省胆道肿瘤专委会主任委员、胆道外科学组组长、腹腔镜外科学组副组长单位。科室开展的治疗项目包括肝脏良恶性疾病的诊断和治疗、肝脏移植、胆结石等疑难杂症的诊治。
第四名：东部战区总医院-普通外科
东部战区总医院普通外科系国家和江苏省重点学科、军队“重中之重”学科。科室按病种开展医疗工作，目前有肠瘘与腹腔感染、炎症性肠病、重症急性胰腺炎、临床营养支持、顽固性便秘、胃肠肿瘤等10多个医疗组。成立了肠瘘与腹腔感染、炎症性肠病、重症急性胰腺炎、临床营养、短肠与肠移植5个专病治疗中心，并在胆结石等相关疾病的研究治疗上均取得了国际或国内突破性成果。
第五名：南京市第一医院-普外科
南京市第一医院的普外科，是江苏省重点专科，国家级临床药物研究专业科室。科室在处理复杂的肝胆管结石和胆道损伤方面处于省内先进水平，利用快速康复理念大大缩短了胆道疾病手术的康复时间。常规开展肝脏、胆道、胰腺的各种良恶性肿瘤手术；乳腺和甲状腺良恶性疾病手术和综合性治疗；结直肠肛门常见及疑难疾病的诊治。
第六名：南京市第二医院-肝胆外科
南京市第二医院肝胆外科是卫生部肝胆外科培训基地，江苏省重点专科，南京市重点专科，南京中医药大学临床教学科室。科室常规开展肝癌的肝段、肝叶切除，半肝切除、扩大半肝切除，离体肝脏切除；对于晚期肝癌患者，在江苏省内率先开展冷循环肝癌的微波固化、无水酒精注射治疗；在胆道疾病方面，对于胆结石等的治疗具有较高的技术水平。
第七名：江苏省中西医结合医院-普外科
江苏省中西医结合医院的普外科已发展成为一个集临床、教学、科研于一体的实体。设有腔镜、胃肠、肝胆、甲乳等多个专业，在胆道微创外科治疗、肝癌整体治疗的研究和推广、肝外胆管结石微创治疗、保胆取石和肝癌手术、介入治疗等方面，均具有丰富的临床经验。
第八名：南京医科大学附属江宁医院-普外科
南京医科大学附属江宁医院的普外科是南京市医学重点专科，专科人才梯队合理，亚专科建设完备，设有肝胆胰外科、胃肠胰外科、甲乳外科，血管外科、肛肠外科、腹壁疝外科等，主要开展肝胆胰脾、胃、小肠、结直肠、甲状腺、甲状旁腺、乳腺、周围血管等器官疾病的诊断和手术治疗，包括肝硬化、胆结石、胃穿孔等。
第九名：南京市中西医结合医院-普外科
南京市中西医结合医院普外科是医院的重点发展的特色科室，承担着南京中医药大学外科专业硕士研究生带教工作，紧跟国内外医学科学的发展。设有胆石病科，疝和腹壁，腔镜，胃肠，甲状腺乳腺，血管六个专科。科室对胆结石等疾病的治疗具有丰富临床经验，微创保胆取石为科室特色。
第十名：南京医科大学附属逸夫医院-普外科
南京医科大学附属逸夫医院普外科，可开展各类胆道手术，如复杂的肝内外胆管结石治疗、肝门部胆管癌切除、胆囊癌根治性切除。腹腔镜下胆囊切除、胆总管切开石、一期缝合术，治疗水平处于领先地位。