华中科技大学协和深圳医院擅长肾病内科、神经内科、骨科、甲乳外科、儿科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、肾病内科
目前是深圳西部地区规模最大的集医疗、教学、科研于一体的肾脏病诊疗和慢性肾脏病防治中心，是国家住院医师规范化培训基地主基地。其慢性肾脏病早期筛查及综合防治、慢性肾脏病心脑血管并发症的预防和血液净化为优先研究领域。
2、神经内科
年门诊量、出院病人数在全市名列前茅。通过采用传统疗法和中西医结合的方法，结合针灸、康复训练和其他多种治疗手段，使神经系统疾病有着更高的临床治愈率。其中诱发电位、肌电图、神经介入、康复治疗等技术项目在深圳市属领先地位。
3、骨科
在国内较早大面积开展组合式骨外固定器技术治疗中重度开放性骨折，并取得很大的成功，大大地降低了开放性骨折的感染率和肢体致残率；在深圳地区率先开展带锁髓内钉治疗四肢骨折，使以往治疗上相当困难的多段骨折和长段粉碎性骨折的手术内固定治疗成为可能，最大程度地挽救了肢体的功能，缩短治疗周期。
4、甲乳外科
是深圳西部地区最早成立的专病专治的乳腺及甲状腺外科专业诊疗中心，自成立以来，在甲状腺、乳腺专业领域的诊治水平达到国内先进行列。目前可常规开展各种乳腺、甲状腺疾病的手术及综合治疗，以及各种乳腺良恶性疾病的手术。
5、儿科
拥有儿科门急诊、儿科病房（一病区、二病区、PICU）的儿童医学中心，是目前深圳西部中心区域综合性医院技术实力最强的科室之一。2019年儿科开展儿童纤维支气管镜检查，为南山区儿科医疗技术突破，标志着儿科呼吸危重救治技术上了一个新台阶。
