中国人民解放军第一医院擅长的科室有五官科，骨、神经外科，口腔科，心血管、肾脏病科，传染科等。
1、五官科
中国人民解放军第一医院五官科是一个技术水平高、责任心强、医德医风高尚的科室。该科拥有先进的听力检测设备和纤维喉镜、鼻窦内突窥镜等设备，能满足临床检查、诊断、治疗需要。除开展专科常规手术外，还开展鼻窦内窥镜手术，器官、食管成形术治疗，各型中耳成形及乳突根术，鼻咽血管留下切除术，鼻咽成形术治疗鼾症，喉、鼻腔、鼻窦肿瘤的根治术及保留部分功能的手术和头颈部肿瘤手术，均取得了理想的效果。
2、骨、神经外科
中国人民解放军第一医院骨、神经外科人才力量雄厚，并拥有一支训练有素的护理队伍。骨、神经外科基本上开展了骨科所有疾病的治疗。在关节方面是甘肃省最早使用关节镜诊断疗的科室之一，在全国率先开展关节镜下骨性关节炎的冲洗治疗。髋关节置换已开展二十余年，近几年又成为全国较早进行髋关节翻修术的科室之一，曾为106岁的高龄患者进行了全髋关节置换。
3、口腔科
中国人民解放军第一医院口腔科有口腔内专业、颌面外专业、口腔修复专业。科室设备先进，拥有口腔综合治疗台、进口烤瓷炉等仪器。开展牙齿正畸治疗，对各种牙齿不齐具有明显的治疗效果，还可开展各种拔牙手术、牙槽骨修整术、各种颌面部外伤的救治、颌骨骨折复位固定术、颌面部囊肿及良恶性肿瘤的切除术等治疗。
4、心血管、肾脏病科
中国人民解放军第一医院心血管、肾脏病科拥有先进的设备和齐全的检查手段，尤其擅长冠心病、高血压、心肌炎及心肌病、心包疾病、先天性心脏病、顽固性心衰及多脏器功能衰竭、急慢性肾炎、肾病综合症、急慢性肾功能衰竭的治疗。在救治急性心肌梗塞、急性心力衰竭、严重心律失常、多器官功能衰竭等方面有丰富的临床经验。
5、传染科
中国人民解放军第一医院传染科现为兰州军区传染病专科中心，担负着兰州军区和地方传染病的预防、诊治任务。5年中撰写医学论文200余篇，专著3部。获全军医学科技成果10余项，其中二等奖3项，被评为兰州军区科研先进单位1次。科室充分发挥专科优势，进行高压氧疗法，人工肝，腹水环注输入等方法治疗病毒性肝炎、重型肝炎、上消化道出血，顽固性腹水等疾病疗效显著，对疑难，重症患者的诊断，抢救经验丰富。