重庆呼吸内科医院排名比较靠前的是陆军军医大学第一附属医院、重庆医科大学附属第一医院、陆军军医大学新桥医院。
陆军军医大学第一附属医院呼吸专科实力强劲，在西南地区呼吸诊疗领域占据领先地位。重庆医科大学附属第一医院呼吸学科综合实力连续多年位居重庆第一。陆军军医大学新桥医院呼吸内科为国家级重点学科，科研与临床水平突出。
1.陆军军医大学第一附属医院 呼吸科
陆军军医大学第一附属医院呼吸科是博士学位授权学科，临床医疗水平处于西南地区领先地位，是集医疗、教学、科研为一体的综合性临床学科。该科室在西南地区乃至国内率先开展多项临床诊疗新技术，自行研制的改良Abrams胸膜活检针广泛应用于临床，大幅提高胸膜腔疾病阳性诊断率并在全国推广。在肺癌、COPD、肺间质纤维化等领域的基础研究和临床诊疗均有突出成果，开展多项国内先进诊疗技术，持续巩固区域领先优势。
2.重庆医科大学附属第一医院 呼吸内科
重庆医科大学附属第一医院呼吸内科是首批国家临床重点专科、委省共建国家呼吸区域医疗中心，复旦排行榜及科技量值排名常年位列重庆第一、西南第二。科室覆盖全部呼吸与结核病种，4D呼吸介入等核心技术全国领先且具国际影响力，率先构建全覆盖呼吸介入体系，完成多项全球及全国首例创新技术，实现呼吸介入手术零死亡。汇聚众多高层次人才，主持多项国家级重大科研项目，在国际顶刊发表多篇高水平论文，牵头制定三十余项行业指南与标准。
3.陆军军医大学新桥医院 呼吸内科
陆军军医大学新桥医院呼吸内科是国家级重点学科、重庆市医学领先学科，设有临床医学博士后流动站与博士学位授予点，为国家药物临床试验机构呼吸专业。科室拥有呼吸疾病基础研究重点实验室与重庆市重点实验室，科研平台实力雄厚。先后荣获国家科技进步二、三等奖及多项省部级科技进步一等奖，人才培养成果丰硕，在呼吸危重症救治、呼吸介入诊疗等方面具备突出优势，学科综合实力位居区域前列。
4.重庆大坪医院 呼吸内科
重庆大坪医院呼吸内科在肺间质疾病、慢阻肺、哮喘规范化诊疗及肺癌早期诊断与综合治疗上形成特色优势，建成经皮、经支气管、经血管、经胸膜腔的多维度肺病介入诊治平台。科室承担多项国家自然科学基金等课题，发表近百篇学术论文，获多项军队科技进步奖与国家专利。肺癌转化医学研究斩获全国重要奖项，相关成果登载国际顶级医学期刊，科室医师多次荣获国家级、市级优秀医师荣誉。
5.重庆医科大学附属第二医院 呼吸内科
重庆医科大学附属第二医院呼吸内科是国家临床重点专科、国家PCCM专科医师培训基地，为重庆市重点学科与呼吸危重症医学研究中心。科室在呼吸危重症救治、肺癌及肺结核微创介入治疗方面达国内先进水平，超声气管镜诊疗技术优势显著，肺康复诊疗经验丰富，是重庆市肺小结节与肺癌工作室依托单位。医师队伍博士占比高，汇聚国务院特殊津贴专家等高层次人才，技术实力与服务质量稳居西南地区前列。
