山西医科大学第一医院擅长的科室有核医学科、普外科、泌尿外科、呼吸与危重症医学科、老年病内科等。
1、核医学科
山西医科大学第一医院核医学科，是国内最早开展同位素临床应用和研究的单位之一，其复旦专科排行榜排名第6。心脏核医学精准诊断、智能化防护设备开发、靶向分子探针研发等为科室目前主要研究方向，是具有医疗特色、设备高端、医工结合、开放创新、区域领先的现代化临床科室。
2、普外科
山西医科大学第一医院普外科是山西医科大学第一医院医疗、教学、科研工作量最大的科室之一。开展的胆道组腹腔镜胆囊切除术已成为治疗胆囊炎和胆囊结石的常规手术，对肝内胆管结石的治疗也取得了重大进展。对于治疗终末期肝病的肝移植手术，该科已独立成功地进行了首例临床肝移植。对巨大肝癌、肝门胆管癌的治疗也取得了重大进步，特别是普外科采用中西医结合治疗急性胰腺炎，效果非常显著。
3、泌尿外科
山西医科大学第一医院泌尿外科为国家临床重点专科、优秀山西省医学重点学科。在复旦医院专科排行榜上，除北京和天津部分知名院校外，综合实力连续五年位居华北第一。其泌尿系肿瘤、泌尿系结石、男科学、尿控及女性泌尿外科学亚专科综合实力位列全国先进行列。
4、呼吸与危重症医学科
山西医科大学第一医院呼吸与危重症医学科，医疗技术和学术水平在我省呼吸界始终处于领先地位，是山西省临床重点专科。目前已形成呼吸危重症、肺栓塞与肺血管病、肺部肿瘤与胸膜疾病等12个亚临床专业学组和研究方向，相继开展了电磁导航介入术、放射性粒子植入术等前沿医疗技术。
5、老年病内科
山西医科大学第一医院老年病内科是国家临床重点专科，目前已经成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的临床学科。配备有多参数中心监护系统、遥测心电监护系统、动态血压监测、动态心电图监测、无创血流动力学分析等设备，既能完善老年患者的各项检查，亦可及时救治危重患者。
