新疆小儿消化科医院排名比较靠前的是乌鲁木齐儿童医院、新疆医科大学第一附属医院、新疆医科大学第二附属医院。
乌鲁木齐儿童医院儿二科消化专科优势明显，小儿内镜技术全疆领先。新疆医科大学第一附属医院儿科消化亚专业齐全，疑难重症诊疗能力突出。新疆医科大学第二附属医院儿科依托强势消化专科，儿童消化系统疾病诊疗规范且专业。
1.乌鲁木齐儿童医院 儿二科
乌鲁木齐儿童医院儿二科由消化与内分泌专业组成，消化专业可开展胃食道返流、小儿腹泻、胃炎、消化道溃疡等疾病诊治。小儿内窥镜检查技术位居全疆领先水平，依托小儿外科开展先天性肠畸形、结直肠肛门疾病诊疗，在北京儿童医院专家指导下，可对溃疡性结肠炎、婴儿肝炎综合征、胰腺疾病等疑难消化病症进行规范诊疗，诊疗范围全面。
2.新疆医科大学第一附属医院 儿科
新疆医科大学第一附属医院儿科是自治区级临床重点专科，为博士、硕士培养点，通过GCP资格认定，下设消化等15个亚专业。科室主持多项国家及省部级科研项目，获多项科研奖励，建成国内一流儿科疑难病症诊疗中心，可开展各类小儿消化疑难、危重疾病诊疗，服务范围覆盖全疆及周边地区，医教研综合实力强劲。
3.新疆医科大学第二附属医院 儿科
新疆医科大学第二附属医院儿科依托医院重点消化专科平台，在小儿消化疾病诊疗上具备扎实专业基础。科室为新疆消化病学专科联盟常务理事单位、自治区食管疾病规范治疗联盟副组长单位，是国家药物临床试验消化专业认证科室，长期邀请国内知名消化专家指导工作，可对小儿胃肠、肝胆等消化系统疾病进行规范化、专业化诊疗。
4.新疆医科大学第五附属医院 儿科
新疆医科大学第五附属医院儿科是集医教研于一体的综合性科室，为国家级儿科医师规培基地，以儿童消化道、呼吸道疾病为主要诊疗方向。科室配备碳光子治疗仪、超声经皮给药治疗仪等特色设备，开展碳光子治疗等特色技术，对小儿消化道疾病治疗有效率高，同时建立完善诊疗常规，实行24小时值守，可高效救治小儿消化急危重症患儿。
