盐城市第三人民医院擅长心血管内科、消化内科、神经内科、内分泌科、肾内科，上述科室均是市级或省级重点专科，具有明显的专家优势，拥有高超的诊疗水平，患者可根据实际情况选择合适的科室就诊。
1、心血管内科
为盐城市及周边地区有较高知名度的江苏省临床重点专科、盐城市医学重点学科，国家级胸痛中心。在市内率先开展经桡动脉冠心病介入治疗、经皮肾动脉狭窄介入支架术、高血压经皮肾动脉去交感神经术等，达市内领先水平。
2、消化内科
为集医疗、教学、科研为一体的专业化科室，是江苏省级医学临床重点专科。科室开展胆胰疾病内镜微创治疗，ERCP、EUS等关键技术达到省内先进水平。在全市内率先开展内镜黏膜下剥离术（ESD），为食管、贲门、胃、结直肠的癌前病变及早癌提供有效的诊断及治疗手段，其技术水平省内先进、市内领先。
3、神经内科
为江苏省临床重点专科、国家级高级卒中中心、江苏省区域卒中救治中心。拥有常规脑电图、视频长程脑电监测等先进设备，设有癫痫、神经介入、神经心理、帕金森病及运动障碍等亚专科，开展神经心理测试、A型肉毒毒素治疗面肌痉挛、神经痛等疾病，为患者提供精准的诊疗服务，在该地区享有声誉。
4、内分泌科
为盐城市及周边地区有较高知名度的医学重点学科，为盐城市市级临床重点专科，在盐城市内分泌领域处于领先地位。科室拥有糖尿病神经病变治疗仪、动态血糖监测系统及胰岛素泵等设备，对疑难复杂的内分泌疾病有较高的诊治、抢救水平。在本地区较早开展糖尿病足病血管介入治疗，极大降低了糖尿病足病致残率，深受患者好评。
5、肾内科
为盐城市重点专科。科室较早开展血液透析、血液灌流、血液透析滤过、连续性血液滤过等治疗，降低各种急、慢性并发症的发生率，延长患者生存期。并在苏北地区率先开展腔镜下甲状旁腺全切加自体前臂移植治疗药物保守治疗无效、症状进行性加重的SHPT，获得病人一致好评。