湖南省人民医院马王堆院区擅长呼吸内科、神经内科、心血管内科、肾内科、消化内科等。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、呼吸内科
湖南省人民医院马王堆院区呼吸内科是湖南省临床重点专科，是湖南师范大学、南华大学医学科学硕士学位、临床专业硕士学位培养基地，国家博士后工作站合作单位、国家药物临床试验基地、湖南省住院医师规范化培训基地、PCCM优秀单位、中国医师协会气道支架培训基地、中国医药教育协会呼吸介入培训基地，介入诊疗水平处于国内先进、省内领先水平。
2、神经内科
湖南省人民医院马王堆院区神经内科是集临床、教学、科研为一体的综合性省级临床重点专科、医院骨干学科。科室内人才结构合理，技术力量雄厚，学科影响力较强，是国家神经系统疾病质量控制中心神经介入质量控制专家委员会委员单位、中国卒中学会常务理事单位、中华医学会神经病学分会神经介入协作组成员单位、中国医师协会神经介入专业委员会委员单位、中国医师协会神经内科医师分会委员单位等。
3、心血管内科
湖南省人民医院马王堆院区心血管内科是集医疗、科研、教学和预防保健为一体的学科，是湖南省重点专科，国家卫计委心血管介入诊疗技术（冠脉介入和心律失常介入）培训基地，国家药物临床试验心血管专业基地。科室设备先进，技术力量雄厚。
4、肾内科
湖南省人民医院马王堆院区肾内科是集医疗、科研和教学于一体的大型省级临床重点专科，以老一辈专家为指导，中青年骨干为主力。科室获得国家自然科学基金项目1项，省科技厅重点科研项目1项、省自然科学基金2项及一般项目13项，省卫健委、市科技局及仁术基金项目15项，获湖南省医学三等奖2项、湖南省首届职工科技创新奖优秀奖1项，参与首都医科大学科技进步二等奖1项。
5、消化内科
湖南省人民医院马王堆院区消化内科是湖南省重点专科，被中华医学消化内镜学专业委员会授予“一带一路”消化内镜培训基地，被中国医师协会内镜医师分会授予ERCP培训中心，是全国三甲消化专科护士培训基地之一，其中的消化内镜室被湖南省卫生厅批准为湖南省消化内镜质量控制中心。