中国中医科学院望京医院擅长的科室有风湿科、肿瘤科、脾胃病（消化）科、康复科、骨伤综合科等。
1、风湿科
中国中医科学院望京医院风湿科为国家中医药管理局风湿病重点专科，对类风湿关节炎、强直性脊柱炎、成人Still病3个优势病种，应用中医药治疗取得满意疗效。并在风湿免疫疑难病方面取得较好疗效，尤其在撤减激素、降低免疫抑制剂毒副作用方面效果显著。本科室治疗以辨证论治为特色，采用综合疗法，重视中医与西医、内治与外治、药物与非药物等的配合应用，辨证使用中药热敷、中药穴位贴敷等疗法治疗风湿类疾病取得了显著疗效。
2、肿瘤科
中国中医科学院望京医院肿瘤科是以中医个体化治疗、内科化疗、介入微创治疗、精准医疗与中医肿瘤康复治疗相结合的综合诊疗科室，是国家中医药管理局“中西医结合临床重点学科”及“肿瘤重点专科”，卫生部第一批癌痛规范化治疗示范病房培育单位。科室中医、西医技术力量雄厚，硬件设施一流，依托中国中医科学院的强大实力，开展中医药抗癌及康复治疗，主要有中药内服、中药外敷、中药药浴、中药注射等。
3、脾胃病（消化）科
中国中医科学院望京医院脾胃病（消化）科是国家中西医结合临床重点学科，国家临床重点专科，国家中医药管理局脾胃病重点专科，国家中医药管理局脾胃病重点研究室，功能性胃肠病北京市重点实验室。中国中医科学院、北京中医药大学硕士、博士、博士后培养点，中国中医药研究促进会消化整合医学分会、中国中西医结合学会消化内镜学专业委员会挂靠单位，国家中医药管理局肠易激综合征、胰瘅(慢性胰腺炎)全国协作组组长单位。
4、康复科
中国中医科学院望京医院康复科是一个以中医、康复、理疗紧密结合的综合性临床科室，是国家临床重点专科，开设两个门诊，拥有声、光、电、磁、牵引等二十多种国内外先进理疗设备，可以安全、无痛的治疗各种急、慢性炎症，急、慢性损伤，肢体运动功能障碍，疼痛症候群，内脏器官功能失调等。
5、骨伤综合科
中国中医科学院望京医院骨伤综合科是国家临床重点专科，在“骨折”与“筋伤”的治疗上均有较为突出的传统特色。本科室继承了中国接骨大师尚天裕教授和国家名医孙树椿教授的“中西医结合”治疗骨科疾病的学术思想，贯彻“动静结合，筋骨并重，内外兼治，医患合作”和筋伤手法“轻、巧、柔、和”的治疗原则。
