中山大学附属第三医院擅长风湿免疫科、康复医学科、神经内科、普外科、皮肤科。科室专业力量雄厚，专科疾病诊治位于国内，甚至国际领先水平。
1、风湿免疫科
是全国建立最早的风湿免疫专科之一，是广东省第一个配备风湿病专科病房、门诊和实验室的专科。得到了社会的广泛认可，也是目前广东乃至华南地区规模最大、专业设置最齐全的风湿病学博士点和博士后流动站。
2、康复医学科
是广东省重点专科、广东省高水平临床重点专科，以神经康复为重点，特别在吞咽障碍、痉挛处理、认知康复、语言康复等方面特色鲜明，许多创新性的评估与治疗项目在国内率先开展，并保持国内领先水平。
3、神经内科
具备强大的综合实力，针对神经免疫性疾病、脑血管病、中枢神经系统感染等难点和重点，发挥本专科临床病种齐全、人才队伍完整、医教研全面发展的特点，在已有研究基础上提出特色的诊疗路线，形成完善的疑难病例和危急重症诊疗方案。
4、普外科
为国家重点学科，集临床、教学、科研为一体。在华南地区率先开展了腹腔镜经自然腔道取标本手术、腹腔镜胰十二指肠切除术等领先手术方式，同时普及应用多种微创手术，服务广大患者。
5、皮肤科
为全国皮肤性病学领域骨干科室之一，科室下属的性病实验室是省卫生厅认证的我省级别最高的实验室（三级性病实验室）。皮肤亚专科设置齐全，科室医疗、教学和科研工作量及技术力量居本省乃至华南地区各大医院的前列，是目前省内综合实力最强的皮肤性病科之一。