福建消化内科医院排名靠前的是福建医科大学附属第一医院消化内科、福建医科大学附属协和医院消化科、福建省立医院消化内科等。福建医科大学附属第一医院消化内科是福建省消化系统疾病医疗、教学、科研中心，连续3年进入中国科技量值专科排行榜前80名、名列省内第一名，外阜患者占比超65%；福建医科大学附属协和医院消化科是福建省临床重点专科、福建医科大学重点学科，为福建省消化系病专业博、硕士研究生主要培养基地，现有科研经费达1000万元；福建省立医院消化内科是福建省科技厅和卫生计生委认定的医学优先发展重点学科，1997年由省政府批准成立福建省胃肠病研究所，年消化内镜诊治量达6万余例次，居福建省首位。
1、福建医科大学附属第一医院 消化内科
该科室设有炎症性肠病专病门诊、胃肠道功能检测室、生物制剂注射室等单元，年门诊量13万人次，外阜患者占比超65%，连续3年进入中国科技量值专科排行榜前80名、名列省内第一名。作为福建省肝病和肠道疾病临床研究中心、全国首批炎症性肠病区域诊疗中心、国家级幽门螺旋杆菌规范化诊治门诊示范中心，科室2003年起率先开展炎症性肠病基础与临床研究，年出院炎症性肠病患者数、MDT讨论患者数均名列全国前茅。近年先后主持国家自然科学基金等各级项目，发表论文130余篇，获省部级科技进步奖三等奖5项、国家专利1项。
2、福建医科大学附属协和医院 消化科
该科室现为福建省临床重点专科、福建医科大学重点学科，是福建省消化系疾病临床诊疗中心之一，拥有内科学消化系病专业博士点与硕士点，为福建省消化系病专业博、硕士研究生主要培养基地。科室配套消化内镜室与胃肠功能检查室，配备各类电子内镜、超声内镜、胶囊内镜等先进设备，年专科门诊量超7万人次，年收治住院患者超2000名，每年胃、肠镜检查与治疗达3万人次以上。科室背靠福建省消化系疾病研究所，主持承担国家自然科学基金等各类课题，现有科研经费1000万元，已发表SCI及Medline收录文章60余篇，获省科技进步奖共9项。
3、福建省立医院 消化内科
该科室系福建省科技厅和卫生计生委认定的医学优先发展重点学科，1997年由省政府批准成立福建省胃肠病研究所，1998年获批卫生部临床药理基地，是福建医科大学及福建中医药大学研究生培养点。科室配备全省最先进齐全的消化内镜诊疗系统及消化道动力、反流监测设备，年门诊量超13万人次，年收治住院病人超3000人次，消化内镜诊治量达6万余例次，居福建省首位。科室在消化内镜诊治、幽门螺杆菌发病机制研究、胃肠动力障碍性疾病诊治等领域居省内领先，近年发表论文300余篇，获省科技进步奖或省医药卫生科技进步奖20多项。
4、厦门大学附属第一医院 消化内科
该科室2022年获批福建省省级临床重点专科，是国家住院医师规范化培训基地、国家药物临床试验基地，为厦门大学医学院、福建医科大学硕士学位授予点。科室设炎症性肠病、消化内镜微创诊疗等多个亚专业及专病门诊，年门诊量12-13万人次，年住院约2700余人次，年内镜诊疗约70000余例。近年主持参与国家自然科学基金2项、省市级课题10余项，发表论文120余篇（其中SCI论文40余篇），获各级科技成果奖6项。
5、福建医科大学附属第二医院 消化内科
该科室是福建医科大学硕士点，为福建省第一批可开展四级消化内镜诊疗技术的单位，是泉州地区收治重症和疑难病例最多的医院之一，年收住病人中危、急、重病人占比约35%。科室在炎症性肠病、幽门螺杆菌感染相关性疾病、重症胰腺炎、慢性肝病等疾病诊疗上积累了丰富经验，可开展绝大多数三、四级内镜下微创手术，先后开展20多项内镜下新治疗技术达到省内先进水平。近年承担各级科研项目20项，获科研基金资助80.7万元，近五年发表SCI论著6篇、CSCD源刊物论著21篇。
