南昌肛肠科医院排名靠前的是南昌大学第一附属医院中西医结合肛肠科、南昌大学第二附属医院普通外科、江西省人民医院肛肠科等，南昌大学第一附属医院中西医结合肛肠科是江西省疑难重症肛肠病诊治中心，可治疗60余种肛肠疾病，拥有多项国家级学科荣誉；南昌大学第二附属医院普通外科是江西省外科学发源地，学科为省级临床重点专科，具备成熟的胃肠肛门外科手术体系；江西省人民医院肛肠科可处理内痔、混合痔、肛瘘、直肠脱垂等各类肛肠常见病与疑难病症。
1、南昌大学第一附属医院 中西医结合肛肠科
该科室深耕肛肠疾病临床诊疗，擅长重度环状混合痔、高位复杂性肛瘘、肛门直肠周围脓肿、先天性肛门闭锁、直肠阴道瘘、直肠脱垂、Paget病、Bowen病、肛窦炎等60余种肛肠疑难疾病及常见病的手术治疗，引进多项专科无痛微创新技术，可保护肛门直肠组织结构与功能外形。科室在省内率先开设小儿肛肠专科、孕妇痔疮专病门诊，配套多种影像与内镜检查用于疑难肛肠病术前评估，年门诊量21000余人次，年住院量近三千人，年手术量近三千余台，获评中国结直肠肛门外科优秀学科，为江西省疑难重症肛肠病诊治中心。
2、南昌大学第二附属医院 普通外科
该科室1927年建科，是江西省外科学的发源地，为江西省省级临床重点专科，下设胃肠外科亚专业，具备完备的结直肠肛门疾病外科救治能力。科室完成省内大量开创性外科手术，配备全套腹腔镜、内镜等先进外科设备，2018年门诊人次10万余人，住院人次达一万八千余人次，年手术量一万三千余台。学科人才梯队完善，拥有多名博士、硕士及博导硕导，承担大量教学与科研任务，承担多项国家级、省部级课题，可开展肛肠相关的结直肠肿瘤、盆底外科、肛周疾病的开放与微创手术，能处理复杂肛肠合并腹腔脏器病变。
3、江西省人民医院 肛肠科
该科室医师长期专注肛肠疾病诊疗，熟悉肛肠科常见病、多发病、疑难病的诊治，在内痔、外痔、混合痔、肛裂、肛瘘、肛周脓肿、肛门皮肤病、肛窦炎、直肠炎、直肠溃疡、出口性便秘、直肠脱垂、直肠前突等病症的诊疗方面具有显著优势。科室针对痔疮、肛周感染、盆底功能障碍、直肠脱垂等肛肠疾病制定个体化方案，能够开展常规肛肠手术，处理普通及复杂肛周病变，可为患者提供基础肛肠疾病筛查、保守治疗与手术治疗，满足省内患者肛肠疾病的就诊需求。
4、南昌市第一医院 普外科
该科室2010年成立，为江西省第一批一级创伤中心成员科室，坚持腹腔镜微创治疗理念，可开展混合痔等肛肠疾病的微创诊疗，同时处理胃癌、肠癌等肠道恶性肿瘤。科室团队可兼顾创伤急救与肛肠疾病诊治，主持完成多项省市级科研课题，发表论文几十篇，除肛肠疾病外，还可处理甲状腺结节、胆囊结石、腹股沟疝等普外科常见病症，对于肛肠疾病合并腹部创伤、肠道肿瘤的患者，能够提供综合性外科诊疗方案。
5、江西中医药大学附属医院 普外科
该科室是江西省医学会加速康复外科分会副主任委员单位，主攻肝胆胰脾疾病的中西医结合治疗，同时可开展结直肠、肛周相关外科疾病诊疗，配备腹腔镜、电子胆道镜等微创设备。科室在省内率先开展保胆取石手术，重视围手术期中西医结合干预，创伤小，术后恢复快。科室可处理部分肠道来源的肛周相关疾病，将中医药手段融入围手术期管理，降低术后并发症，适合肛肠、结直肠疾病倾向中西医结合治疗的患者。
