沧州市中心医院擅长皮肤性病科、肾内科、骨科、内分泌科、妇科等。
1、皮肤性病科
沧州市中心医院皮肤性病科是沧州市最早开展皮肤病、性病、皮肤美容诊疗工作，是目前该领域技术力量最雄厚，规模最大、水平最高、阵容最强大的专业机构，为沧州市皮肤性病学会主任委员单位，是沧州市皮肤性病专业的龙头，肩负着引领本地区学科发展的重任。采用的308nm准分子联合中西医结合治疗白癜风获得满意效果，达到了国内先进水平，也成为该科的一大特色。
2、肾内科
沧州市中心医院肾内科于2016年被列为省级临床重点建设专科，由血液透析中心、腹膜透析中心、普通病房、肾脏重症监护病房、肾脏内科门诊五部分组成。血液透析中心是该市成立最早的，中心成立了血液净化专科联盟，多次召开省级会议进行学术与技术交流，促进了沧州地区整体血液透析技术水平的发展。在该市率先开展肾穿刺病理诊断工作，通过与北京专家协作，肾脏疾病的诊断居国内领先水平。
3、骨科
沧州市中心医院骨科是河北省卫计委批准沧州市唯一脊柱外科治疗中心，是省级临床重点培育专科、国家级临床药物实验基地，国家级住院医师规范化培训基地。早在上世纪70年代，就成功开展了脊柱结核病灶清除术、脊柱后凸畸形矫形术，开创了沧州市脊柱外科领域的技术先河，专注脊柱疾病诊治已有将近50年的历史。
4、内分泌科
沧州市中心医院内分泌科是地区最早成立的内分泌糖尿病专业科室，已成为国家级住院医师规范化培训、国家级药物临床试验基地、国家级糖尿病教育基地。目前承担多项国家药物临床试验，省内率先开展性腺疾病微量泵治疗，住院患者血糖信息化管理。
5、妇科
沧州市中心医院妇科是河北省临床重点培育专科，承担了沧州地区主要的妇科疾病特别是妇科疑难、危重病例、各种良恶性肿瘤的诊断治疗工作。妇科技术力量强大，治学态度严谨，理论及临床诊疗水平在沧州地区妇科学界处于龙头地位。科室早在20年前就率先在沧州地区开展了腹腔镜、宫腔镜等妇科微创手术，使广大女性患者在治愈疾病的同时减少了传统开腹手术带来的创伤。