福州比较出名的儿童医院是福建省儿童医院、福建医科大学附属第一医院、福建医科大学附属协和医院，福建省儿童医院是国家儿童医学中心，在国内和国际上均具有较强的认可度和影响力，在国家三级公立医院绩效考核评价中排名第二。福建医科大学附属第一医院儿科是省级临床重点专科，福建医科大学附属协和医院儿内科是国家级儿科医师规范化培养基地。
第一名：福建省儿童医院
福建省儿童医院是集医、教、研于一体的三级甲等儿童专科医院，是国家儿童医学中心，在国内和国际上均具有较强的认可度和影响力。在2018年度国家三级公立医院绩效考核评价中，位列全国儿童专科医院排名第二，CMI值（病例组合指数）位列全国第一。相关儿科亚专业相继获得国家临床重点专科、卫生部重点实验室、上海市首批临床医学中心、上海市医学重点学科及上海市公共卫生重点学科等。
第二名：福建医科大学附属第一医院-儿科
福建医科大学附属第一医院儿科是集医疗、教学、科研为一体的二级医学学科，现为省内儿科临床医疗、教学、科研中心之一，是省级临床重点专科、国家级儿科住院医师规范化培训基地等，医疗设备先进，亚专科设置齐全，先后承担多项福建省科技厅、省教育厅、省卫健委及福建医科大学等科研项目，荣获省直机关“五一先锋岗”和福州市“青年文明号”等。
第三名：福建医科大学附属协和医院-儿内科
福建医科大学附属协和医院儿内科是福建省最早的儿科学硕、博士研究生培养基地，也是国家级儿科医师规范化培养基地，迄今已成为福建省儿科临床、科研和教学中心、福建省临床重点专科。科室多个专业综合实力达国内先进水平或省内领先水平，作为高水平的医疗区域中心，综合实力强，同时亚专科的迅猛发展，大大提升了儿科疑难重症疾病的就治能力。
第四名：福建省立医院-儿科
福建省立医院儿科在福建省儿科界享有较高的声誉，是福建省儿科医疗、教学、科研中心，是全省各医院儿科疑难及危重病最多的科室，接受全省及邻近省份基层医疗单位转诊的病人。医院拥有雄厚的师资队伍，是国家级住院医师规范化培训基地，是多家医学院校重要临床教学基地等。
第五名：福建医科大学附属福州市第一医院-儿科
福建医科大学附属福州市第一医院儿科是福州市临床重点专科，实力雄厚。设置有4个亚专科，分别为：神经专业、早产儿专业、感染循环专业、呼吸专业。全面开展新生儿疾病的诊治及重症监护：如新生儿复苏、窒息后综合症如胎粪吸入性肺炎、缺氧缺血性脑损伤、早产儿系统管理等。
第六名：福建省妇幼保健院-儿科
福建省妇幼保健院儿科有呼吸、消化、神经、内分泌、肾脏、心血管、血液等专业。科室以内分泌、神经为学科发展重点，结合呼吸、消化等专业，开拓创新，积极开展临床科研和新技术，不断提高医疗技术和服务质量。内分泌专科是省内为数不多能开展生长激素激发试验、LHRH激发试验、骨龄测评等项目，对儿童生长迟缓、矮小、肥胖、性早熟、糖尿病等儿童常见内分泌疾病进行规范化诊治的专科之一。
第七名：中国人民解放军联勤保障部队第900医院-儿科
中国人民解放军联勤保障部队第900医院儿科是全军儿科中心，设有病房、实验室、阅览室和新生儿重症抢救室，由于科室技术力量雄厚，服务质量高，并有医院综合实力为后盾，获得省内同行及病儿家长的信任。每年收治住院病儿2300-2500名，其中不少为福建省内、福州市内医院转送的危重、疑难病儿。
第八名：福州肺科医院-儿科
福州肺科医院儿科承担福州市儿童呼吸系统疾病的临床、科研和教学工作，主要开展呼吸系统各种急慢疾病临床诊治，如呼吸道感染、气管炎、各种肺炎、支气管哮喘、慢性咳嗽、支气管异物、儿童结核、结核性胸膜炎、结核性脑膜炎、支气管结核、淋巴结核、骨结核及其他肺外结核病的诊治。
第九名：福建省立金山医院-儿科
福建省立金山医院儿科是医院首批开设的临床科室之一，由福建省立医院儿科具有丰富诊疗经验的老、中、青医师组建，其中有两位医师分别任中华医学会全国儿科肾脏疾病专业组和感染专业组委员。科室包括儿科住院部、门诊和急诊，儿科住院部现有床位52张，儿科门诊每天有主任医师坐诊。