北京比较好的神经科医院是北京协和医院、北京天坛医院、首都医科大学宣武医院，北京协和医院的神经科在处理和解决疑难杂症和重症方面处于国内领先地位，连续6年在复旦大学专科声誉排行榜上名列神经内科专科声誉第一名。北京天坛医院的神经病学中心是教育部国家重点学科、卫计委国家临床重点专科；首都医科大学宣武医院的神经内科为北京市重点学科、国家级神经病学重点学科。
第一名：北京协和医院-神经科
北京协和医院神经科，现已成为全国久负盛名的神经科，是国内最早的神经病学专业博士、硕士学位授予点及博士后工作站之一。在处理和解决疑难杂症和重症方面处于国内领先地位。现拥有11个专业组，开设9个特色门诊，为广大患者提供高水平的医疗服务。连续6年在复旦大学专科声誉排行榜上名列神经内科专科声誉第一名。
第二名：北京天坛医院-神经病学中心
北京天坛医院神经病学中心是全国规模最大、学科建设最为齐全的学科之一，是教育部国家重点学科、卫计委国家临床重点专科、科技部脑血管病防治研究创新团队、国家神经系统疾病医疗质量控制中心、科技部国家神经系统疾病临床医学研究中心，入选国家卫计委疑难病症诊治能力提升工程。中心亚专科设置齐全，设立血管神经病学科、神经重症医学科、运动障碍性疾病科、认知障碍性疾病科、神经感染与免疫疾病科、神经肌肉病学科、癫痫科等7个亚专科科室。
第三名：首都医科大学宣武医院-神经内科
首都医科大学宣武医院神经内科为北京市重点学科、国家级神经病学重点学科，现已发展成为国内一流的神经内科，是全国的神经病学医疗、教学和科研中心之一。科室以脑血管病、癫痫、痴呆、帕金森病为主要发展方向，拥有27个特色专病门诊。2012年以总分第一名成绩获得神经内科国家卫生部临床重点专科；神内ICU获得ICU国家卫生部重点专科；中西医结合组获得国家中医药管理局“十二五”重点专科。
第四名：中国人民解放军总医院-神经内科
解放军总医院神经内科是汇集第一医学中心，第三至第八医学中心神经内科的综合性研究型临床医学部。设置神经内科、神经介入科、重症医学科和研究所4个亚专科，形成了以脑功能障碍、神经肌肉病、脑血管病、神经系统感染与免疫、神经系统变性病、神经肿瘤、脊髓脊柱疾病及神经中毒等为代表的14个优势专业方向，多数处于国内领先、国际一流水平。
第五名：北京大学第一医院-神经内科
北京大学第一医院神经内科为北京市重点学科，神经内科病房拥有干一病房区神经专业和神经内科二病房区2个，实验室12个。每天门诊量在300-400人次之间。另有独立的神经科急诊及急诊留观病床。医疗上的核心工作是神经系统疑难和重症疾病的诊治，依托北京大学和中国科学院等研究单位。设立了门诊疑难病例会诊中心、病房疑难病例讨论、北京大学疑难病例展示讨论会等，诊治大量来自全国各地的疑难杂症患者。
第六名：北京大学第三医院-神经内科
北京大学第三医院神经内科为医院重点发展科室，在医、教、研等许多方面都已达到国内领先水平，部分领域趋于国际先进水平。科室先后获评卫生部国家临床重点专科、北京市重点学科、教育部博士点学科和博士后流动站、国家级临床药理基地、国家卫生计生委脑卒中筛查防控基地医院、北京市专科医师培训基地等。
第七名：北京大学人民医院-神经内科
北京大学人民医院神经内科不断引进先进的医疗设备，医疗工作者优秀拥有高超的专业技术、精湛的医术、熟练的技能，能为患者提供优质的服务，擅长诊治各种神经系统疾病，在脑血管病、癫痫、头痛、痴呆、锥体外系疾病、肌病及周围神经系统疾病等方面具有较高诊治水平。
第八名：首都医科大学附属北京同仁医院-神经内科
首都医科大学附属北京同仁医院神经内科医师、技师、康复师各类人员齐备，肌电图、脑电图、TCD等设备齐全先进，梯队层次配备完整。科主任王佳伟教授在国内具有较高的学术影响，在自身免疫性脑炎的研究与诊治方面，目前处于国内领先水平。科室学科特色包括自身免疫性脑炎、神经系统感染、重症肌无力、视神经脊髓炎谱系疾病、重症肌无力等。
第九名：中日友好医院-神经科
中日友好医院神经科在中国医院科技量值STEM排名从2015年第96名跃居2020年第65名。老年痴呆的临床诊治水平位于全国前沿。牵头全国认知障碍诊治指南3项，牵头全国抗痴呆药物临床研究3项。科室在老年痴呆、脑卒中、神经肌肉病变、帕金森病、神经免疫疾病、神经遗传疾病及睡眠障碍等几方面拥有很高的诊疗水平与专业特色。