广东省中西医结合医院擅长的科室有呼吸科、消化内科、泌尿外科、康复科等。
1、呼吸科
广东省中西医结合医院呼吸科，为国家临床重点专科建设单位、国家中医药局“十二五”重点专科建设单位，广东省重点中西医结合专科，坚持以现代医学为基础，传统中医药疗法为特色，积极开展呼吸内科常见病、多发病的基础研究及临床诊疗工作，可开展经支气管镜保护毛刷及肺泡灌洗术、支气管粘膜活检、肺活检等诊断与治疗技术。对肿瘤、结核、慢性炎症等所造成的气管、支气管狭窄等疾病，可进行APC、支气管球囊扩张术等介入技术。
2、消化内科
广东省中西医结合医院消化内科，为省级中西医结合重点专科建设单位，能开展无痛内镜常规检查，ERCP+EST术，鼻胆、胰管引流术，胃镜下经皮胃造瘘术，胃镜下贲门狭窄、贲门失弛缓扩张术，胃镜下食道支架置放术，食管静脉曲张套扎术，内镜下止血术，热活检钳治疗，氩气刀内镜下治疗消化道息肉及出血，黏膜切除术，内镜下钛夹止血，内镜下注射针治疗，射频治疗等各种镜下治疗。
3、泌尿外科
广东省中西医结合医院泌尿外科，技术力量雄厚、医疗设备齐全，可开展各种泌尿外科微创手术，如经皮肾取石术(PCNL）/肾铸型结石一期多通道、同期双侧经皮肾取石术、经自然腔道“免打孔”的输尿管软镜取石术（RIRS）、输尿管硬镜取石术等，良性前列腺增生的微创手术治疗亦为泌尿科优势技术，在区内较早开展了经尿道前列腺剜除术（双极及激光剜除）。成熟开展了各种腹腔镜上尿路肿瘤手术以及继发性高血压的外科诊疗。
4、康复科
广东省中西医结合医院康复科，是国家中医药管理局十一五重点专科建设单位，广东省中医名科。科室以“疏通经络、调补肝肾”为中医指导思想、结合先进的现代康复手段治疗康复科常见疾病取得了良好的疗效。所治疗的病种包括颈椎病、腰椎间盘突出症、退行性骨关节病、骨质疏松症、肩周炎、创伤性骨关节运动障碍、手外伤及断肢再植术后功能障碍、头痛、神经痛、中风后遗症、脑外伤后遗症、外伤性截瘫、周围神经病变等疾病。
