变态反应科全国排名靠前的医院有北京协和医院、首都医科大学附属北京同仁医院、首都医科大学附属北京世纪坛医院等多家。其中北京协和医院变态反应科是中国临床变态反应学的发源地和摇篮，同时也是中国唯一的抗过敏药物临床药理试验基地；首都医科大学附属北京同仁医院变态反应（鼻过敏）科拥有国际先进的医疗设备，是第三个国家临床重点专科；首都医科大学附属北京世纪坛医院变态反应科连续6年进入中国医院科技量值排名百强，同时连续3年进入复旦版中国医院排行榜-变态反应科前十强。
第一名：北京协和医院-变态反应科
北京协和医院变态反应科是中国临床变态反应学的发源地和摇篮。是中国唯一的抗过敏药物临床药理试验基地。2008-2010年，科室牵头的10余家完成了尘螨舌下含服脱敏的临床研究。科室在国内最早研制过敏原并将特异性免疫治疗应用于临床，并牵头完成了全国气传致敏花粉调查，初步摸清了我国各省及地区致敏花粉的分布情况，为我国花粉症的临床诊断和治疗工作奠定了基础。
第二名：首都医科大学附属北京同仁医院-变态反应（鼻过敏）科
北京同仁医院变态反应(鼻过敏)科为北京同仁医院继眼科、耳鼻咽喉科以外的第三个国家临床重点专科。变态反应(鼻过敏)科是对鼻相关过敏性疾病进行诊断、治疗和预防，面向儿童及成人的多交叉二级学科。科室拥有国际先进的医疗设备，主要开展的诊疗手段有：致敏原检测，鼻阻力、鼻声反射，鼻分泌物及脱落细胞检测，气道NO检测，以及致敏原的特异性免疫治疗、药物治疗及鼻内镜手术治疗等。
第三名：首都医科大学附属北京世纪坛医院-变态反应科
北京世纪坛医院变态反应科，现已成为集科、教、研于一体的、具有中国特色的、独立的变态反应学科。自2015年至今，变态反应科连续6年进入中国医院科技量值排名百强，连续3年进入复旦版中国医院排行榜-变态反应前十强。科室下设有临床诊室、体内过敏原检查室、体外过敏原检测实验室、配药室、治疗室、观察室、国际标准化脱敏治疗中心、教研室、临床药理研究室、肺功能室、花粉监测研究室、急诊抢救室、vip门诊等。患者来自于全国各地及国外，年门诊量7万余人次，位居全国前列。
第四名：广州医科大学附属第一医院-变态反应科
广州医科大学附属第一医院变态反应学科（过敏科）由钟南山院士创建，科室以过敏性鼻炎和支气管哮喘的治疗与预防为主要任务，联合多学科合作进行难治性哮喘、过敏性鼻炎-鼻窦炎、嗜酸性粒细胞性相关疾病等与过敏免疫相关的呼吸道和肺部的疑难疾病诊治研究。科室人才梯队合理，学科特色鲜明，是全国临床重点专科，在中国医院科技影响力排行榜中位居全国首位。目前，科室开设哮喘专病门诊、嗜酸细胞/咳喘多学科门诊、过敏（成人/儿童）多学科门诊等。
第五名：华中科技大学同济医学院附属同济医院-过敏反应门诊
同济医院过敏反应科有呼吸道过敏性疾病亚专科、皮肤过敏性疾病亚专科、食物药物过敏及严重过敏反应亚专科等3个亚专科，有国家级临床重点专科、中法过敏反应研究所、国家级变态反应专业药物临床试验基地、临床变态反应学教研室、中国特异性免疫治疗示范门诊；鼻部及变态反应研究所等6个实验室及临床中心，现有1个病区。
第六名：上海交通大学医学院附属仁济医院-过敏科
上海交通大学医学院附属仁济医院过敏科（变态反应科）是上海市唯一的过敏性疾病国家临床重点专科，是仁济医院的特色专业之一，是上海及华东地区三甲医院中最早成立的以过敏性疾病诊治与研究为一体的机构。疾病诊治范围包括各类过敏及过敏相关性疾病，在变应原诊断方面，除采用常规的皮肤点刺试验、皮内试验外，还自主开发了多项检测过敏反应的试剂盒，是国内最早引进国际最先进过敏原全自动检测系统（UniCAP系统）的单位之一；在螨类与支气管哮喘发病关系的研究与诊治上属国内首创，研究与诊治水平处于国内一流水平。
第七名：广州医科大学附属第二医院-过敏反应科
广州医科大学附属第二医院变态反应科是国家临床重点专科，是华南地区综合性大型医院中唯一独立设科的科室。科室技术力量较强，拥有目前国际公认的过敏原体外检测金标准，可进行目前常见的100多种致敏原的体外及体内检测及食物不耐受检测。科室在治疗过敏反应性疾病中主要采用特异性免疫治疗，脱敏治疗处于国内领先水平。自建科以来，己诊治来自全国20多个省、市、港、澳及海外的过敏性疾病患者十余万人次，得到行之有效的治疗，取得了很好的社会效益。
第八名：中国医科大学附属盛京医院-过敏反应科
中国医科大学附属盛京医院高度重视变态反应学科的建设，现已初步形成相对完整的治疗体系。科室积极与各相关专业合作发展，为过敏性疾病患者提供更加优质高效的服务，为辽宁地区、东北地区，乃至全国的变态反应领域作出极大的贡献。并积极推动新技术、新成果、新理念的普及和传播，不断推动东北地区变态反应领域新突破。
第九名：中山大学附属第一医院-变态反应科
中山大学附属第一医院变态反应科是中国南方地区过敏原检测及免疫治疗规模最大的医疗单位之一。科室拥有Unicap 检测系统、MAST 检测系统和Foke 检测系统等多种血清学检测设备，可开展包括螨、真菌、花粉、猫毛在内的15种常见气传过敏原的皮肤点刺检测实验和过敏原的血清学检测。可开展成人和儿童的过敏性鼻炎、哮喘和过敏性皮炎、荨麻疹患者等的变应性疾病免疫治疗项目（皮下注射免疫治疗、舌下免疫治疗。治疗对象包括等）。
第十名：复旦大学附属华山医院-变态反应科
复旦大学附属华山医院变态反应（过敏和免疫）科由皮肤科、呼吸科、耳鼻咽喉头颈外科、眼科、消化科、肾病科、感染科、风湿免疫科、血液科、肿瘤科、病理科、精神医学科、中西医结合科、临床营养科、药剂科、检验医学科等16个权威学科的专家力量组建而成。整合学科资源，整合专业技术，同时创新“1+1整合门诊”，将整合的概念从普通门诊开始，旨在以整合医疗的方式开展医学诊疗活动。