北京口腔黏膜科医院排名靠前的有北京大学口腔医院、首都医科大学附属北京口腔医院、北京协和医院等，北京大学口腔医院在复旦版排行榜中一直荣列口腔专科第一名；首都医科大学附属北京口腔医院口腔黏膜科主要从事各种口腔黏膜病的诊断和治疗工作；北京协和医院口腔黏膜科是国内较早成立的口腔黏膜疾病综合诊疗中心之一。
第一名：北京大学口腔医院-口腔黏膜科
北京大学口腔医院是三级甲等口腔专科医院。复旦版“中国医院专科排行榜”自2010年发榜以来，一直荣列口腔专科第一名（已连续12年）；中国医学科学院2020年度中国医院科技量值（STEM）榜单第1名。其口腔黏膜科在复发性阿弗他溃疡、口腔扁平苔藓、口腔白斑病、口腔念珠菌病等的诊治水平在国内均处于领先地位，某些方面达到国际先进水平。
第二名：首都医科大学附属北京口腔医院-口腔黏膜科
首都医科大学附属北京口腔医院为市属三级甲等口腔专科医院。口腔黏膜科主要从事各种口腔黏膜病的诊断和治疗工作，包括复发性口腔溃疡、扁平苔藓、白斑、慢性盘状红斑狼疮、天疱疮、变态反应性口炎及各种唇舌疾病等。此外，对牙周疾病的诊治也具有丰富的临床经验。
第三名：北京协和医院-口腔黏膜
北京协和医院口腔黏膜科是国内较早成立的口腔黏膜疾病综合诊疗中心之一，在常见口腔黏膜病（如：各类口腔溃疡、口腔黏膜特殊感染、口腔扁平苔藓、口腔白斑病、口腔黏膜大疱类疾病、灼口综合征、唇舌疾病等）以及各类复杂疑难病例的诊治方面形成了规范、完整的治疗体系，处于国内领先水平。
第四名：中国人民解放军总医院-口腔科
中国人民解放军总医院口腔医学中心是国内规模最大的综合医院口腔科，内设12个亚专科，1个军队重点实验室，拥有世界最先进的口腔综合治疗台150台，担负党，国家和军队领导的医疗保健任务。为口腔医学一级学科博士学位授权点，口腔医学博士后流动站，口腔医学硕士专业学位授权点，国家住院医师规范化培训基地，国家临床重点专科军队建设项目，对于口腔黏膜疾病有着丰富的诊疗经验。
第五名：北京大学第一医院-口腔科
北京大学第一医院口腔科已经集医疗教学科研于一体，科室人员技术力量雄厚，科室特色有牙现代根管治疗牙周病序列治疗、口腔黏膜诊疗、牙周手术、各种复杂牙拔除术、牙槽外科手术。烤瓷冠、全瓷冠、氧化锆铸瓷冠等。现代正畸技术解决青少年牙列拥挤反颌方面不断向国际先进技术学习。
第六名：北京大学第三医院-口腔科
北京大学第三医院口腔科已经发展为口腔内科（牙体牙髓、牙周、口腔黏膜、儿童口腔）、口腔颌面外科、口腔修复、口腔正畸各专科齐备，医、教、研并重，人才梯队完整的现代化科室。口腔各专科的治疗项目均可高水平完成，并在口腔黏膜诊疗、微创拔牙、镍钛根管治疗、显微根管治疗及显微根管外科、成人错颌畸形的正畸治疗、种植支抗辅助治疗、牙周病的系统治疗等方面具有自己的特色。