中国医科大学附属盛京医院擅长小儿内科、小儿普外科、变态反应科、急诊科、消化内科，上述科室均拥有雄厚的专业实力，患者可根据自身情况选择对应科室就诊。
1、小儿内科
居于复旦专科声誉排行榜前十，科室年收治病人约6500人次；年门诊量为20万-30万人次。对小儿呼吸系统疾病，尤其是儿童危重症，如重症肺炎合并急性呼吸窘迫综合征（ARDS）、多脏器功能衰竭（MODS）、休克、机械通气、血液净化治疗等有较深入的研究。
2、小儿普外科
是全国几所著名医科大学最早设立的小儿外科专业之一，是我国重要的小儿外科中心之一，承担整个辽沈乃至东北地区小儿外科急重症和复杂病例的诊治工作，可完成小儿外科各种常规及疑难和复杂的手术。
3、变态反应科
积极与各相关专业合作发展，为过敏性疾病患者提供更加优质高效的服务，为辽宁地区、东北地区，乃至全国的变态反应领域作出极大的贡献。积极推动新技术、新成果、新理念的普及和传播，不断推动东北地区变态反应领域新突破。
4、急诊科
是集临床医疗、教学、科研为一体的综合性科室，以精湛高超的医疗技术和齐全完善的学科特色闻名于东三省，在心肺脑复苏、急危重症的诊治、急性中毒的救治、各种外伤和多发伤救治等方面形成了自己的特色和优势。
5、消化内科
科室长期开展食管、胃、肠、肝、胆、胰等各种消化系统疾病的临床及基础研究工作，对慢性胃炎、消化性溃疡等常见疾病的诊治及消化道内镜诊疗技术均达到国内先进水平。