上海眼科医院排名第一的医院是复旦大学附属眼耳鼻喉科医院，该医院眼科为国家重点学科及临床重点专科，眼科在2021年度中国医院专科综合排行榜中排第三名。另外，上海交通大学医学院附属第九人民医院眼科、上海第一人民医院眼科也比较好，分别排第七名和第九名。
第一名：复旦大学附属眼耳鼻喉科医院
复旦大学附属眼耳鼻喉科医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等眼耳鼻喉专科医院。医院的眼科和耳鼻喉科均为国家重点学科及临床重点专科。在复旦大学医院管理研究所发布的《2019年度中国医院专科综合排行榜》中，医院耳鼻喉科连续11年蝉联榜首，眼科最新排名第三。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第51。
第二名：上海交通大学医学院附属第九人民医院-眼科
上海交通大学医学院附属第九人民医院眼科是以眼整形眼眶病为特色、玻璃体视网膜病、白内障、青光眼、眼表角膜病、眼视光和斜弱视等专业全面发展的学科。连续四年荣获中国医院最佳专科声誉排行提名，2021年获中国医院科技影响力排行第七名。该科室拥有先进的医疗设备，率先将内镜导航手术系统应用于眼眶骨折修复，眼眶深部肿瘤摘除，眼眶减压手术，达到国际先进水平。
第三名：上海市第一人民医院-眼科
上海第一人民医院眼科临床医学中心是国家临床重点专科、上海市重中之重临床医学中心、上海市眼科研究所、上海市眼底病重点实验室、上海交通大学眼科研究所、上海市眼科住院及专科医师培训基地、上海交通大学眼科学博士点、博士后流动站、南京医科大学眼科学博士点、博士后流动站，上海交通大学医学院眼科及视觉科学系所在地。在2018年度中国医院专科声誉排行榜，中心位列全国第九，综合性医院眼科第四，进入全国眼科第一方阵，七年内排名上升两位。中心的传统强项在于视网膜脱离、糖尿病视网膜病变和老年性黄斑变性等眼底病的临床诊断和治疗。
第四名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-眼科
上海交通大学医学院附属瑞金医院眼科不断引进国外最先进的眼科设备、技术及管理模式，为广大患者提供了全面和高质量的眼科医疗服务。目前开展的服务项目包括准分子激光手术治疗各种屈光不正以及对超高度近视进行有晶体眼人工晶体植入术、激光治疗各类眼底病、激光治疗白内障的后发障、超声乳化手术治疗白内障、眼部整形美容、斜弱视的治疗等。
第五名：复旦大学附属中山医院-眼科
复旦大学附属中山医院眼科是上海市最早的住院医师规范化培训基地之一，是首批“中国眼科住院医师培训精英教学医院联盟成员单位”，也是国家重点学科复旦大学临床医学院眼科学与视觉科学系的组成部分。科室拥有各专业的医疗团队和高精尖设备，诊治各种类型的眼科疾病，特别是伴有全身复杂病症的眼病和各种疑难杂症。
第六名：复旦大学附属华山医院-眼科
复旦大学附属华山医院眼科拥有各种国际先进水平的诊疗仪器与设备，为患者提供全面、合理、科学且可靠的医疗服务。在微创玻璃体视网膜手术、白内障手术、神经眼科相关疾病，以及各种眼表疾病、眼部整形美容等领域的诊疗水平均处于全国先进地位。
第七名：上海交通大学医学院附属仁济医院-眼科
上海交通大学医学院附属仁济医院眼科是国家眼科药物临床试验基地，是上海医师协会眼科分会副会长单位、上海视光学会主任委员单位、上海眼底病学组组长单位。科室常规开展角膜移植手术、玻璃体视网膜手术、白内障超声乳化手术、各种斜视手术、泪道手术等。
第八名：上海市第六人民医院-眼科
上海第六人民医院拥有白内障、糖尿病视网膜病及视光学三个特色亚学科，并设有青光眼、眼外伤多个亚专业，诊治的病种有白内障、青光眼、眼底病等。科室引进国际先进水平白内障超声乳化仪全套设备，并应用此新技术，被公认为国内最早开展微创白内障超声乳化技术的医院之—。眼科各项主要业务指标居上海市同行前列。
第九名：上海长海医院-眼科
上海长海医院眼科是博士学位授予学科、世界眼科学会糖尿病眼病防盲协作单位。创立了建国以来国内最早的眼科病理实验室，率先在上海开展角膜移植术。拥有多种进口先进检查治疗设备，开展微切口白内障超声乳化术、青光眼术、微创玻璃体切除术等高新技术，并取得了优良的治疗效果，深受患者信任和好评。
第十名：上海交通大学医学院附属新华医院-眼科
上海交通大学医学院附属新华医院眼科由我国眼科学奠基人之一陆道炎教授创立，为上海乃至全国最大的眼底病和小儿眼病诊治中心之一，是上海市重点学科。在白内障手术领域享有很高声誉，一直是全国白内障基础和临床研究的中心之一。