南京神经外科医院排名比较靠前的是南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院。
南京医科大学第一附属医院神经外科是江苏省最早的神经外科，学科综合实力全省领先，脑胶质瘤诊疗水平达到国际标准。南京鼓楼医院神经外科亚专业齐全，复合手术与微创技术特色突出。东南大学附属中大医院神经外科在锁孔微创、神经内镜及颅底肿瘤手术方面达到国际先进水平。
1.南京医科大学第一附属医院 神经外科
南京医科大学第一附属医院神经外科是江苏省临床医学重点专科，南京医科大学博硕士培养点及博士后流动站，为国内首批神经外科专科培训基地。科室亚专业配置齐全，主持制定多项国家级神经外科指南与共识，脑胶质瘤诊疗达到国际先进水平。承担国家级省部级课题50余项，获国家科技进步二等奖，科技量值位居全国前列，学术影响力广泛。
2.南京鼓楼医院 神经外科
南京鼓楼医院神经外科是江苏省临床重点专科，多所高校博硕士培养基地，拥有神经外科重症监护室及复合手术室。科室以脑血管病显微外科、神经介入、功能神经外科为特色，复杂动脉瘤及颅神经疾病诊疗优势显著。获省部级科技进步一等奖等多项奖项，承担多项国家自然科学基金项目，学科综合实力强劲。
3.东南大学附属中大医院 神经外科
东南大学附属中大医院神经外科设有微创神经外科中心与功能神经外科研究所，拥有国际一流手术设备。科室在锁孔微创技术、神经内镜、脑积水治疗、胶质瘤综合治疗及颅底肿瘤手术方面达到国际先进水平，三叉神经痛与面肌痉挛微创治疗经验丰富。承担多项国家级省级科研课题，发表多篇SCI论文，学术与临床水平位居省内前列。
4.东部战区总医院 神经外科
东部战区总医院神经外科是全军神经外科研究所，江苏省医学重点学科，拥有国内一流设备与多个专病诊疗中心。科室在颅内动脉瘤、颅底肿瘤、脊柱脊髓疾病及垂体瘤综合治疗上特色鲜明。承担国家自然科学基金等课题40余项，发表SCI论文170余篇，获国家科技进步二等奖等49项成果，学科积淀深厚。
5.南京市第一医院 神经外科
南京市第一医院神经外科是南京市临床重点专科，多所高校硕士培养点，配备先进显微及导航设备。科室在脑血管病急诊救治、颅内动脉瘤介入治疗上技术突出，首创多项动脉瘤治疗技术，开展江苏省首例健侧颈7神经移位术。学科带头人手术经验丰富，在颅脑肿瘤与复杂脑血管病显微治疗上成果显著，多项技术达到国际领先水平。
