全国排名第一的肝病医院是首都医科大学附属北京地坛医院，该医院的肝病中心是新型肝病医教研防重点学科，可收治各种肝病，包括病毒性肝炎、肝炎肝硬化、原发性肝癌等。此外，治疗肝病还可就诊于感染病，比较好的医院有复旦大学附属华山医院和浙江大学医学院附属第一医院，前者感染病科是国家教委首批重点学科；后者的感染病科是国家临床医学研究中心。
第一名：首都医科大学附属北京地坛医院-肝病中心
首都医科大学附属北京地坛医院肝病中心是国内最早开展乙型肝炎抗病毒治疗耐药检测的单位之一，是集医疗优势、科研实力、教学基地为一体的新型肝病医教研防重点学科。学科与人才梯队在国家重大专项课题研究中更好的发挥已有的骨干作用。收治病种各种肝病，包括病毒性肝炎、肝炎肝硬化、原发性肝癌等。
第二名：复旦大学附属华山医院-感染病科
复旦大学附属华山医院感染病科为国家教委首批重点学科，数十年来在诊治经典传染病及感染病的医疗、教学、科研工作中已形成学科特色和优势，是国内重要的病毒性肝炎相关肝病和其他感染病临床医疗中心之一。科室收治的经典传染病以及其他各项感染的病人之多、病种之丰富在全国综合医院的感染病科中是不多见的，在病毒性肝炎相关肝病的个体化与优化治疗、中枢神经系统感染诊治、不明原因发热和新发感染性疾病的诊治、深部真菌病的诊治等方面的实力雄厚，给来自全国各地的感染病患者带来福音。
第三名：浙江大学医学院附属第一医院-感染病科
浙江大学医学院附属第一医院感染病科是集医疗、教学和科研全面发展的国家重点学科、国家重点实验室、国家协同创新中心、国家临床医学研究中心、传染病国家医学中心和重点临床专科建设单位，是国内规模最大、学术水平领先的感染病教学、科研和临床基地之一，在病毒性肝炎等重大传染病和新型流感等新发突发传染病诊治方面取得重大突破。科室收治病种齐全,病人来源广泛，专科特色有肝衰竭人工肝支持治疗，新发突发感染性疾病的诊治，不明原因发热的诊治，感染相关呼吸衰竭的救治，肝纤维化早期肝硬化的早期筛查、寄生虫性疾病的诊治和肝癌的内科综合治疗。
第四名：北京协和医院-感染内科
北京协和医院感染科是北京协和医院最早成立的科室之一，现已成为国内一家集医疗、科研、预防和人才培养的国家级传染病的医疗诊治。北京协和医院感染科是感染性疾病博士学位授予点、卫生部临床重点学科、国家级感染性疾病继续教育基地。在复旦大学医院管理研究所最佳专科声誉排行榜名列第七。北京协和医院作为全国艾滋病诊疗的“领头羊”，不仅在面临抗病毒药物匮乏、副作用大的历史阶段下迎难而上，建立了“十五攻关”“十一五”和“十二五”等引领全国艾滋病领域的多项临床研究，更在新时期下的艾滋病多脏器功能研究方面走在全国最前列，利用综合医院的多学科优势，建立了具有特色的多学科合作的“协和综合模式”。
第五名：南方医科大学南方医院-感染内科
南方医院感染内科暨肝病中心是华南地区高水平的临床感染病科室，是国家重点学科消化病系（肝病部）、广东省重点学科、广东省211工程建设重点学科、教育部器官衰竭防治重点实验室、广东省病毒性肝炎研究重点实验室，中华医学会感染病学分会候任主任委员单位、广东省医学会感染病学分会主任委员单位，为博士学位授权点和临床医学博士后流动站成员单位，2011年牵头组建南方医科大学肝脏疾病研究所，形成一支以肝脏疾病为核心的临床和基础研究团队。科室目前拥有多名具有丰富临床经验的知名专家教授以及一批活跃在医、教、研工作前线的中青年骨干。
第六名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-感染科
上海交通大学医学院附属瑞金医院感染科由临床、重症肝炎研究室、临床病毒研究室及传染病与流行病教研室组成。临床收治病种广泛，在综合性教学医院中，瑞金医院感染科规模居全国前列，目前科室除继续保持了在重症肝炎研究领域的领先优势外，在病毒变异研究、病毒性疾病分子诊断、慢性乙型、丙型病毒性肝炎抗病毒治疗的优化及耐药检测、肝移植术后乙丙型病毒性肝炎的复发、肝细胞损伤分子机制及治疗干预等研究方面都居于全国领先地位。此外，感染科还致力于感染性疾病的基础及临床研究。感染科病毒实验室已被上海市批准为艾滋病初筛实验室。
第七名：四川大学华西医院-感染性疾病中心
四川大学华西医院感染性疾病中心是我国西南地区感染性疾病疑难重症诊治及疑难重症救治中心，感染性疾病专业人才培养和科学研究的重要基地。学科是国家首批设立的博、硕士点和博士后流动站，2017年获批国家重点专科，在复旦大学医学管理研究所发布的“中国医院最佳专科声誉排行榜”上排名全国第十，连续2年位居前十。 中心现拥有床位152张，设有传染病房、感染病房及感染性疾病研究室；并设有肝炎门诊、感染门诊、肠道门诊；年出院病人5000余例次，年门诊量17万余人次。
第八名：中国人民解放军总医院-消化内科
解放军总医院消化内科医学部是中华医学会消化病分会主任委员、中华医学会消化内镜学分会主任委员所在单位。2008年被评为北京市重点学科，2013年被评为全军首批国家临床医学专科中心建设单位。医学部包含消化内镜超级微创与修复（消化军事医学）、食管胃、肠道、肝脏，胆系、胰腺疾病及肠道微生态等亚专业，拥有7个派驻科室。在消化系统常见病, 疑难病诊治和急危重症救治方面特色鲜明，拥有在面积、规模、技术等方面领先世界的国际一流消化内镜中心。在国际率先定名完善了消化内镜隧道技术，替代了一批传统外科手术；在肠道微生态与肿瘤表观遗传学研究方面也处于国际国内领先地位。
第九名：北京大学第一医院-抗感染科
北京大学第一医院抗感染科由我国著名临床药理学家李家泰教授创建并任首任所长。为我国第一个临床药理研究所，是我国临床药理高级学术研究机构和抗生素研究中心之一，也是我国最早的卫生部药物临床研究基地。主要收治发热待查、呼吸道感染、尿路感染、皮肤软组织感染等患者。
第十名：广州市妇女儿童医疗中心-感染科
广州市妇女儿童医疗中心感染科是收治儿童感染性疾病的专科医疗部门，在全国儿童医院感染专业中名列前茅。科室配备有各种先进的仪器设备，在重症手足口病和甲型H1N1流感等儿童重大传染性疾病防治方面积累了丰富临床救治经验。在其他儿童感染性疾病救治方面，尤其对有基础疾病合并病毒感染，多脏器功能损害的危重症救治，疗效显著。