合肥儿童医院有安徽省儿童医院、安徽医科大学第一附属医院、安徽省立医院等。安徽省儿童医院是第一批国家儿童区域医疗中心试点单位，是安徽省儿科医学研究所等；安徽医科大学第一附属医院儿科是安徽省临床医学重点学科，在中国医院科技量值排行榜排名全国百强；安徽省立医院儿科部分技术处于国内先进水平。
第一名：安徽省儿童医院
安徽省儿童医院是集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的综合性儿童专科医院，是国家发展改革委、国家卫生健康委批准的第一批国家儿童区域医疗中心试点单位，是安徽省儿科医学研究所、安徽省儿童健康与疾病临床医学研究中心等。在危重新生儿的抢救、小儿脑瘫、癫痫、哮喘、肾病、消化道疾病、复杂新生儿先天性畸形（如食道闭锁，泄殖腔畸形等）、泌尿道畸形、骨关节畸形、小儿先心病、儿童白血病、肿瘤外科的恶性实体肿瘤规范化诊治、儿童血管性疾病的介入治疗及胎儿磁共振诊断等方面有很高造诣。
第二名：安徽医科大学第一附属医院-儿科
安徽医科大学第一附属医院儿科为住院医师规范化培训国家重点专业基地，安徽省危重新生儿转运救治中心，安徽省临床医学重点学科。常规开展无痛胃镜、胃肠电生理、肾脏穿刺病理活检、肺功能、新生儿中心静脉置管、新生儿换血、神经电生理检查、遗传代谢病筛查、儿童高级生命支持等临床诊疗项目。始终保持中国医院科技量值排行榜（儿科学）、复旦医院排行榜（儿科学）、儿内科专家国际学术影响力排名全国百强，安徽第一的领先位置。
第三名：安徽省立医院-儿科
安徽省立医院儿科是集医疗、科研、教学于一体的儿科医学基地，是安徽省医学会儿科学分会主任委员单位、安徽医科大学博士研究生培养点及硕士研究生培养点。科室现有8个住院病区：总院5个，南区2个，西区1个，床位共有350余张，其中小儿呼吸、血液、新生儿、危重症医学等水平处于全省领先水平，部分技术处于国内先进水平。2019年科室门诊量达54.36万人次，年收治住院病人1.7万余人。
第四名：安徽医科大学第二附属医院-儿科
安徽医科大学第二附属医院儿科是安徽省“十二五”临床重点培育专科、安徽医科大学第二附属医院重点学科。设有血液、内分泌、心血管、新生儿、儿童重症（NICU+PICU）、呼吸、消化、肾脏、神经及风湿免疫等临床亚专业，其中儿童血液专业、儿童内分泌在省内儿科学界处于领先地位。
第五名：合肥市第一人民医院-儿科
合肥市第一人民医院儿科2006年被授予安徽医科大学儿科硕士研究生培养点；2007年被批准为安徽省NICU专科护士培训基地；2010年被批准为合肥市重点扶持学科。主持和参与省、市级科研项目共9项，主持市级重大科研项目4项。2013年成功救治体重850克的三胞胎、四胞胎，新生儿危重症救治水平达省内先进；2014年省内首次应用美国FDA认证OLYMPICCOOLCAP，治疗新生儿缺氧缺血脑病。
第六名：合肥市第二人民医院-儿科
合肥市第二人民医院儿科目前拥有多个亚专业组。包括新生儿专业、儿童消化专业、儿童血液专业、儿童内分泌专业、儿童重症专业等，其中新生儿专业为合肥市危重新生儿救治中心。儿童呼吸专业为中国科学技术大学附属第一院（安徽省立医院）“儿科哮喘与结核病专科联盟”单位，获批“儿童哮喘标准化门诊”。
第七名：合肥市滨湖医院-儿科
合肥市滨湖医院儿科是全国新生儿神经重症监护培训基地，合肥市重点扶持学科，长期与国内外顶尖医院交流合作，掌握了先进的国内外临床诊疗技术。设有小儿重症、小儿呼吸、小儿消化、小儿内分泌、小儿神经、小儿肾脏及儿童发育行为等亚专业，新生儿危重症及超早产儿救治水平达到省内先进。
第八名：安徽省第二人民医院-儿科
安徽省第二人民医院儿科是集临床、教学、科研为一体的专业科室。科室拥有一支技术精湛的医护队伍，承担该市及周边地区小儿常见病和危重疑难病的诊治，并作为省级新生儿危重症救治中心有效地降低了该市及周边地区围生期活产婴儿的死亡率，提高了超、极低体重儿存活率。
第九名：安徽省妇幼保健院-儿科
安徽省妇幼保健院儿科可开展治疗急性上呼吸道感染、急性支气管炎、支气管肺炎、毛细支气管炎、儿童哮喘、腹泻、肠炎、消化道出血、脱水、贫血、病理性黄疸、肝功能损害、牛奶蛋白过敏、矮小症（侏儒症）等近40种疾病。此外，还开展了矮身材助长、运动功能康复训练等项目。
第十名：安徽医科大学第一附属医院北区-儿科
安徽医科大学第一附属医院北区儿科，是集医疗、教学、科研为一体的综合性科室，拥有一支技术精湛、作风优良、服务一流的医疗护理队伍。开设儿科门诊、儿科急诊、儿科急症抢救室、儿科输液厅、儿童雾化中心等，同时开展小儿推拿、冬病夏治等中医特色治疗项目。其中儿童呼吸专业、儿童内分泌专业为科室重点发展专科，对儿童性早熟、矮小症、肥胖、甲状腺功能减退、甲状腺功能亢进、糖尿病等内分泌疾病的诊治在省内处于领先水平。